awk行がファイル内のヘッダーとフッター文字列の間にある

Question

forループ内のawkスクリプトを使用して、異なるヘッダーとフッターの間のすべての行を別のファイルに解析しようとしています。

19-T00,,,,,,,,,,,,,,,, 
1557,WT,,,,,,,,,,,,,,, 
6,109-G->A,110-G->A,,,,,,,,,,,,,, 
3,183-G->A,,,,,,,,,,,,,,, 
19-T10,,,,,,,,,,,,,,,, 
642,WT,,,,,,,,,,,,,,, 
206,24->G,,,,,,,,,,,,,,, 
19-T21,,,,,,,,,,,,,,,, 
464,24->G,,,,,,,,,,,,,,, 
19-TSpl,,,,,,,,,,,,,,,, 
2219,24->G,,,,,,,,,,,,,,, 
20-T00,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
... 
... 

上記の行のための私の目標はからすべての行を渡すために、次のようになります。例えば、私はこのようになりますサンプル名のヘッダ（compiled.csv）とのミスマッチのリストを使用してファイルを持っていますsample-19.csvというサンプル出力ファイルの19-T00から2219,24->G,,,,,,,,,,,,,,,までです。

サンプル名はすべてパターン[0-9][0-9]-T*を共有します。そして、これを最初に実行する私のアプローチは、20のサンプル名（つまり19,20,21 ...）の配列を作成することに基づいていました。次のループを実行しようとしていますが、出力ファイルは作成されますが空白です。

for i in {0,19} 
do a="$i" 
b=`echo $i+1 | bc` 
header="${array[$a]}-T"; footer="${array[$b]}-T" 
name=`echo $header | cut -d"-" -f1` 
awk -F, -v start="$header" -v finish="$footer" '/^start*/,/^finish*/' compiled.csv >"sample-"$name".csv" 
done 

私はワンライナーを使って手動でこれを行う場合は、次の awk '/^19-T*/,/^20-T*/' compiled.csv >sample-19.csvそれが正常に動作します。だから私は、渡す変数に問題があるかもしれないと思うが、私はそれを修正する方法を知らない。

awkを使用したヘッダーフッターアプローチについて他のスレッドが議論していることは知っていますが、私の構文にはいくつかの助けが必要だと思います。誰かが経験豊富な目の助けを借りているなら、それは非常に感謝しています。何かが明確でない場合は私に教えてください。

おかげで、

マット

Answer 1

必要なのはこのような何か（未テスト）である：あなたが二度とシェルループで処理したテキストを検討している場合は

awk ' 
/^[0-9][0-9]-T00,/ { 
    close(out) 
    out = "sample-" $0 
    sub(/-T00.*/,".csv",out) 
} 
{ print > out } 
' compiled.csv 

は読んでくださいwhy-is-using-a-shell-loop-to-process-text-considered-bad-practice最初

Answer 2

awk

awk --posix '/[0-9]{2}-T00/{split($0,a,"-"); name=a[1]} {print $0>"sample-"name".cas"}' file 

出力は、あなたの内容のための2つのファイル「サンプル・19.csv」と「サンプル-20.csv」このエドため