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を使用しています。私は、バイオインフォマティクスパイプラインにPythonとRパッケージの組み合わせを使用しているため、CRANからいくつかのRパッケージをconda環境で使用するようにパッケージしようとしています。そのため、他の依存関係のため、私はPythonとRIのバージョンでbrandnew環境を作っバージョン3.3conda skeleton cranが間違ったバージョンのR
でRを維持する必要があるとします
の$ condaは= 3.6.3、R = 3.3 -n bioinfoパイソンを作成します。 2
ルート環境にRがインストールされていません。それから私はcondaスケルトンのための指示に従ってください：
（bioinfo）$ condaスケルトンCRAN rootSolve
（bioinfo）$ condaスケルトンCRAN rootSolve
（bioinfo）$のcondaビルドR-rootsolve
何らかの理由で、CRANによれば、rootSolveパッケージにはR> = 2.01しか必要ありませんが、これはR3.4の依存関係を維持し続けます！これはどこから来ますか？
次の新しいパッケージがインストールされます： R-ベース：3.4.2-haf99962_0
パッケージを構築することは、実際にパッケージがロードされない、私の環境で実行されているRのバージョンを変更しませんが。どのようなアイデアをしてください？
Rバージョン3.3.2（2016年10月31日） - "誠実なパンプキンパッチ"
> library('rootSolve')
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/people/bioc1402/miniconda3/envs/bioinfo2/lib/R/library/rootSolve/libs/rootSolve.so':
/usr/people/bioc1402/miniconda3/envs/bioinfo2/lib/R/library/rootSolve/libs/rootSolve.so: undefined symbol: R_ExternalPtrAddrFn
In addition: Warning message:
package ‘rootSolve’ was built under R version 3.4.2
Error: package or namespace load failed for ‘rootSolve’
私はここで半ダースの時間を言わなければならないでしょうが、コンダとCRANを混ぜることはあまりうまくいかないようです。私はあなたができるならば、それらを欺くのを避けるだろう。 –
OKですが、主にPythonパッケージであるがRがいくつかあるJupyterノートブックワークフローを公開する場合はどうすればよいですか？ – vantom
RとCRANのパッケージを使用します。 –