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Linux上でMonoを実行しているC#アプリケーションでJavaコードを実行しようとしましたが、http://www.mono-project.com/docs/about-mono/languages/java/チュートリアルを見つけました。それは、IKVM.netが5年(2012年)のソースフォージリポジトリを指していることを示しています。Mono C#RuntimeでJavaを実行する(Linux)
これがMonoによってサポートされていない場合、Linux上で実行されているC#アプリケーション内でJavaコードを実行する他の方法があります。