インストールパスは書き込み不可R、パッケージを更新できません

Question

BioconductorをRにインストールしようとしています。私がコードを入力すると（下記参照）、いくつかのパッケージを更新できないというエラーメッセージが表示されます。インストールパスは書き換え不可能です。

> ## try http:// if https:// URLs are not supported 
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help 
> biocLite() 
BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31). 
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv, 

私はパッケージに行くことによって、これらのパッケージをインストールすることができます

生存/パッケージをインストールします。

> utils:::menuInstallPkgs() 
trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/Matrix_1.2-8.zip' 
Content type 'application/zip' length 2775038 bytes (2.6 MB) 
downloaded 2.6 MB 

trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/mgcv_1.8- 16.zip' 
Content type 'application/zip' length 2346257 bytes (2.2 MB) 
downloaded 2.2 MB 

trying URL  'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/survival_2.40-1.zip' 
Content type 'application/zip' length 5109948 bytes (4.9 MB) 
downloaded 4.9 MB 

package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
package ‘mgcv’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
package ‘survival’ successfully unpacked and MD5 sums checked 

The downloaded binary packages are in 
    C:\Users\stxeb8\AppData\Local\Temp\Rtmp2tQZ4v\downloaded_packages 

次に、パッケージ/ロードパッケージに移動し、それらを正常にロードして検索し、パッケージがそこにあることを確認できます。

> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
Loading required package: nlme 
This is mgcv 1.8-16. For overview type 'help("mgcv-package")'. 
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =  TRUE)),graphics=TRUE) 
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)}) 
> search() 
[1] ".GlobalEnv"   "package:survival"  "package:mgcv"   
[4] "package:nlme"   "package:Matrix"  "package:BiocInstaller" 
[7] "package:stats"   "package:graphics"  "package:grDevices"  
[10] "package:utils"   "package:datasets"  "package:methods"  
[13] "Autoloads"    "package:base"   

しかし、その後、私はbioconductorをインストールするために行くとき、それは私にマトリックス、mgcvと生存を更新することができません同じエラーメッセージを表示します。

> ## try http:// if https:// URLs are not supported 
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help 
> biocLite() 
BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31). 
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv, 
    survival 

バイオコンダクターをインストールするためにこれらのパッケージを更新するにはどうすればよいですか？

Answer 1

複数の「おすすめ」パッケージが2つの場所にインストールされているようです。書き込みアクセス権のないディレクトリの管理者アカウント、書き込みアクセス権を持つディレクトリのRStudioがあります。 biocLite()は前者について不平を言っています。

biocLite()は、インストールできないBioconductorパッケージ（アップデートできない場合がある）について苦情を申し立てない限り、問題はなく、基本的なBioconductorパッケージが正常にインストールされています。将来のBioconductor関連のサポートについては、https://support.bioconductor.orgをご覧ください。

Answer 2

私の許可の問題でした。まず、installed.packages() %>% .[, c("Package", "LibPath")]を使ってパッケージがインストールされた場所を特定しました。 （パイプオペレータ%>%を使用するには、magrittrパッケージをロードする必要があります） これは、パッケージの名前と場所を含む長い2列の行列を出力します。次に、問題のパッケージがどこにあるかを確認します。私の場合、彼らは/usr/lib/R/site-libraryと/usr/lib/R/libraryになっていました。次に、これらのフォルダのアクセス許可をchmodで変更しました（私はメインのRフォルダにchmod -R 777を使用しました。これは私のパーソナルコンピュータなので、セキュリティは大きな問題ではありません）。

Answer 3

私は同じ問題を抱えていた、との答えは、管理者としてのRすなわち経営のRまたはRstudio にルートアクセスを与えることです。この質問出

チェック： installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'KernSmooth', 'mgcv', 'nnet', 'rpart', 'spatial'