NAsを含む行が特定の割合以上の列に存在する場合にのみ行を削除する方法はありますか？

Question

次の例のデータセットではna.omit（data）を使用しますが、存在する場合にのみNAを使用して行を削除する条件では、列の「30％以上」と言います。

データ：

 C1  C2  C3  C4  C5 
Gene1 0.07 NA  0.05 0.07 0.07 
Gene2 0.2 0.18 0.16 0.15 0.15 
Gene3 NA  0.93 0.9 NA  0.92 
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
Gene6 NA  0.34 NA  0.8 NA 
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
Gene8 0.25 NA  0.49 NA  NA 
Gene9 0.1 0.1 0.05 NA  0.09 

次のように結果のファイルは次のようになります。助けを

 C1  C2  C3  C4  C5 
Gene1 0.07 NA  0.05 0.07 0.07 
Gene2 0.2 0.18 0.16 0.15 0.15 
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
Gene9 0.1 0.1 0.05 NA  0.09 

ありがとう！

Answer 1

あなたはNA値の行の合計に基づいてサブセットのことができます。ここでは

test[!rowSums(is.na(test)) > ncol(test)*.3,] 

     C1 C2 C3 C4 C5 
Gene1 0.07 NA 0.05 0.07 0.07 
Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15 
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
Gene9 0.10 0.10 0.05 NA 0.09 

Answer 2

はReduce

df1[!Reduce(`+`, lapply(df1, is.na)) > ncol(df1)*0.3,] 
#  C1 C2 C3 C4 C5 
#Gene1 0.07 NA 0.05 0.07 0.07 
#Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15 
#Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
#Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
#Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
#Gene9 0.10 0.10 0.05 NA 0.09 

Answer 3

そして、ここでもう一つの選択肢であるか

dat[apply(dat,1,function(x){sum(is.na(x))/dim(dat)[2]})<0.3,] 

#C1 C2 C3 C4 C5 
#Gene1 0.07 NA 0.05 0.07 0.07 
#Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15 
#Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
#Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
#Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
#Gene9 0.10 0.10 0.05 NA 0.09