OWLAPI：Jarから実行するとパーサーが見つかりません

Question

RDF形式の.owlファイルをJSON形式の文字列に解析するためにJavaでオントロジーインポータを作成しました。より具体的には、静的メソッドparseOntologyObjectHierarchyは、オントロジーで定義されたクラス階層をJSONに解析します。 JUnitテストのメソッドまたはクラスのmainメソッドを呼び出すと、すべて正常に動作します（JUnitとクラスmainはIntelliJ IDEA Professional 2017から呼び出されます）。しかし、私がクラスをすべての依存関係を含むgradleを使ってjarファイルとしてパッケージ化すると、org.semanticweb.owlapi.io.UnparsableOntologyExceptionが得られます。 jarには実際に必要なものが含まれていますRDFXMLParser。 jarファイルのclasspathが正しく設定されていませんか？ここで

のIntelliJ IDEAプロジェクト最小限の例です：https://drive.google.com/open?id=0B10MbhsMWfrydVNKZVJ0QVg1NlE

そして、ここでは、対応する最小限の瓶である：ここではhttps://drive.google.com/open?id=0B10MbhsMWfrybjJIcDNWd0JFMUk

コードです：ここでは

public static String parseOntologyObjectHierarchy(String filename) throws OWLException { 
    System.out.println("OWL file: " + filename); 
    OWLOntology ontology = loadOntology(filename); 
    OWLDataFactory df = OWLManager.getOWLDataFactory(); 
    return json = hierarchyToString(ontology, df.getOWLThing()); 
} 

public static OWLOntology loadOntology(String filename) throws OWLOntologyCreationException { 
    File ontologyFile = new File(filename); 
    if (!ontologyFile.exists() || !ontologyFile.isFile()) { 
     throw new IllegalArgumentException("OWL file is not a file"); 
    } 
    OWLOntologyManager ontologyManager = OWLManager.createOWLOntologyManager(); 
    OWLOntologyDocumentSource source = new FileDocumentSource(new File(filename), new RDFXMLDocumentFormat()); 
    return ontologyManager.loadOntologyFromOntologyDocument(source); 
} 

は私のbuild.gradleですが。

group 'com.example' 
version '0.1.0-SNAPSHOT' 
apply plugin: 'java' 
sourceCompatibility = 1.8 
repositories { 
    mavenCentral() 
} 
dependencies { 
    compile group: 'net.sourceforge.owlapi', name: 'owlapi-osgidistribution', version: '5.1.0' 
    compile group: 'net.sourceforge.owlapi', name: 'owlapi-apibinding', version: '5.1.0' 
    compile group: 'net.sourceforge.owlapi', name: 'owlapi-parsers', version: '5.1.0' 
    compile group: 'net.sourceforge.owlapi', name: 'owlapi-impl', version: '5.1.0' 

    compile 'com.google.code.gson:gson:2.8.0' 
    compile 'net.sourceforge.owlapi:org.semanticweb.hermit:1.3.8.510' 
    compile group: 'org.glassfish', name: 'javax.json', version: '1.0.4' 
    testCompile group: 'junit', name: 'junit', version: '4.12' 
} 

task fatJar(type: Jar) { 
    manifest { 
    attributes 'Implementation-Title': 'ExampleCom Ontology Importer', 
      'Implementation-Version': version, 
      'Main-Class': 'com.example.ontology.OntologyImporter' 
    } 
    baseName = project.name + '-all' 
    from { configurations.compile.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) } } 
    with jar 
} 

ここではexc eptionテキスト：あなたの最小限の瓶で

$ java -jar am-ontology_importer-all-0.1.0-SNAPSHOT.jar 
OWL file: C:/Users/me/Desktop/Projects/example/example-0.1.0.owl 
SLF4J: Failed to load class "org.slf4j.impl.StaticLoggerBinder". 
SLF4J: Defaulting to no-operation (NOP) logger implementation 
SLF4J: See http://www.slf4j.org/codes.html#StaticLoggerBinder for further detail 
s. 
Exception in thread "main" org.semanticweb.owlapi.io.UnparsableOntologyException 
: Problem parsing file:/C:/Users/me/Desktop/Projects/example/example-0.1.0.owl 
Could not parse ontology. Either a suitable parser could not be found, or parsi 
ng failed. See parser logs below for explanation. 
The following parsers were tried: 
1) org.coode.owlapi.obo12.parser.OWLOBO12Parser@1ca3d04 


Detailed logs: 
-------------------------------------------------------------------------------- 

Parser: org.coode.owlapi.obo12.parser.OWLOBO12Parser@1ca3d04 
    Stack trace: 
Lexical error at line 1, column 22. Encountered: "\n" (10), after : ""  o 
rg.coode.owlapi.obo12.parser.OBOParserTokenManager.getNextToken(OBOParserTokenMa 
nager.java:1059) 
     org.coode.owlapi.obo12.parser.OBOParser.jj_ntk_f(OBOParser.java:296) 
     org.coode.owlapi.obo12.parser.OBOParser.TagValuePair(OBOParser.java:147) 

     org.coode.owlapi.obo12.parser.OBOParser.Header(OBOParser.java:110) 
     org.coode.owlapi.obo12.parser.OBOParser.parse(OBOParser.java:80) 
     org.coode.owlapi.obo12.parser.OWLOBO12Parser.parse(OWLOBO12Parser.java:1 
09) 
     uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyFactoryImpl.loadOWLOntology(OW 
LOntologyFactoryImpl.java:188) 
     uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.load(OWLOntologyMa 
nagerImpl.java:1072) 
     uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.loadOntology(OWLOn 
tologyManagerImpl.java:1033) 
     uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.loadOntologyFromOn 
tologyDocument(OWLOntologyManagerImpl.java:982) 



     at uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyFactoryImpl.loadOWLOntology 
(OWLOntologyFactoryImpl.java:229) 
     at uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.load(OWLOntolog 
yManagerImpl.java:1072) 
     at uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.loadOntology(OW 
LOntologyManagerImpl.java:1033) 
     at uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyManagerImpl.loadOntologyFro 
mOntologyDocument(OWLOntologyManagerImpl.java:982) 
     at com.example.ontology.OntologyImporter.loadOntology(OntologyImpo 
rter.java:52) 
     at com.example.ontology.OntologyImporter.parseOntologyObjectHierar 
chy(OntologyImporter.java:64) 
     at com.example.ontology.OntologyImporter.main(OntologyImporter.jav 
a:142) 

Answer 1

、META-INF/servicesフォルダはorg.semanticweb.owlapi.io.OWLParserFactoryの複数のコピーが含まれている - これらはおそらくOWLAPIの依存関係のあなたのマージから来ています。

各モジュールは、このファイルで、モジュールでどのパーサーが見つかるかを宣言します（インスタンスを提供するためにServiceLoaderによって解釈されます）。 owlapi-distributionには、OWLAPIモジュールによって提供されるすべてのファイルのマージされたコピーが含まれています。あなたはそれがあなたのjarファイルに含まれている唯一のファイルであることを確認する必要があります。

このフォルダにある他のファイルについても同様です。