パッケージhttrを使用してWeb APIからデータを取得

Question

私はバイオインフォマティクスの目的でオンラインAPIにアクセスしようとしています。 APIはcurlを使用した例でwebsiteにリストされていました。彼らは使用 例は次のとおりです。

library(httr) 
url="http://tools-cluster-interface.iedb.org/tools_api/mhci/" 
results=POST(url,body="method=smm&sequence_text=SLYNTVATLYCVHQRIDV&allele=HLA-A*01:01&length=9") 
content(results,"text") 

： Unix curl output

私はHTTRを使用してセットアップするRスクリプトを試してみました：オンラインUNIX端子を使用して

$ curl --data "method=smm&sequence_text=SLYNTVATLYCVHQRIDV&allele=HLA-A*01:01&length=9" http://tools-cluster-interface.iedb.org/tools_api/mhci/ 

が、私は正しい出力を得ることができますしかし、私が得た結果には有用な情報は含まれていません。

[1] "Available methods:\nann\ncomblib_sidney2008\nconsensus\nnetmhccons\nnetmhcpan\nnetmhcstabpan\npickpocket\nrecommended\nsmm\nsmmpmbec\n\n* Please go to the link below for usage info:\nhttp://tools.iedb.org/main/html/tools_api.html\n" 

私はちょうど1）私のスクリプトがカールでAPIメソッドを反映する正しい方法であることを知りたいですか？ 2）どのようにRでのAPIを使用する？

Answer 1

私はcurl、コマンドラインを処理するためにcurlconverterを使用：

直接使用することができ

library(curlconverter) 
library(httr) 

curl_line <- 'curl --data "method=smm&sequence_text=SLYNTVATLYCVHQRIDV&allele=HLA-A*01:01&length=9" http://tools-cluster-interface.iedb.org/tools_api/mhci/' 

straighten(curl_line) %>% 
    make_req() -> req 

req[[1]] 
## function() 
## httr::VERB(verb = "POST", url = "http://tools-cluster-interface.iedb.org/tools_api/mhci/", 
##  body = list(method = "smm", sequence_text = "SLYNTVATLYCVHQRIDV", 
##   allele = "HLA-A*01:01", length = "9")) 
## <environment: 0x7fb1ba2b2d40> 

：

content(req[[1]]()) 
## [1] "allele\tseq_num\tstart\tend\tlength\tpeptide\tic50\tpercentile\trank\nHLA-A*01:01\t1\t2\t10\t9\tLYNTVATLY\t1286.92\t1.3\nHLA-A*01:01\t1\t4\t12\t9\tNTVATLYCV\t6061.08\t5.5\nHLA-A*01:01\t1\t3\t11\t9\tYNTVATLYC\t27896.52\t21\nHLA-A*01:01\t1\t8\t16\t9\tTLYCVHQRI\t36774.77\t24\nHLA-A*01:01\t1\t5\t13\t9\tTVATLYCVH\t49607.80\t30\nHLA-A*01:01\t1\t10\t18\t9\tYCVHQRIDV\t56565.29\t32\nHLA-A*01:01\t1\t7\t15\t9\tATLYCVHQR\t83090.24\t39\nHLA-A*01:01\t1\t1\t9\t9\tSLYNTVATL\t85418.12\t40\nHLA-A*01:01\t1\t6\t14\t9\tVATLYCVHQ\t282195.45\t68\nHLA-A*01:01\t1\t9\t17\t9\tLYCVHQRID\t491529.97\t79\n" 

だけに変換することができます：

POST(url = "http://tools-cluster-interface.iedb.org/tools_api/mhci/", 
    body = list(method = "smm", 
       sequence_text = "SLYNTVATLYCVHQRIDV", 
       allele = "HLA-A*01:01", 
       length = "9")) %>% 
    content() 
## [1] "allele\tseq_num\tstart\tend\tlength\tpeptide\tic50\tpercentile\trank\nHLA-A*01:01\t1\t2\t10\t9\tLYNTVATLY\t1286.92\t1.3\nHLA-A*01:01\t1\t4\t12\t9\tNTVATLYCV\t6061.08\t5.5\nHLA-A*01:01\t1\t3\t11\t9\tYNTVATLYC\t27896.52\t21\nHLA-A*01:01\t1\t8\t16\t9\tTLYCVHQRI\t36774.77\t24\nHLA-A*01:01\t1\t5\t13\t9\tTVATLYCVH\t49607.80\t30\nHLA-A*01:01\t1\t10\t18\t9\tYCVHQRIDV\t56565.29\t32\nHLA-A*01:01\t1\t7\t15\t9\tATLYCVHQR\t83090.24\t39\nHLA-A*01:01\t1\t1\t9\t9\tSLYNTVATL\t85418.12\t40\nHLA-A*01:01\t1\t6\t14\t9\tVATLYCVHQ\t282195.45\t68\nHLA-A*01:01\t1\t9\t17\t9\tLYCVHQRID\t491529.97\t79\n" 

そして、あなたをあなたのデータフレームを得ることができます：

library(readr) 
library(httr) 
library(magrittr) 

POST(url = "http://tools-cluster-interface.iedb.org/tools_api/mhci/", 
    body = list(method = "smm", 
       sequence_text = "SLYNTVATLYCVHQRIDV", 
       allele = "HLA-A*01:01", 
       length = "9")) -> res 

content(res, as="text") %>% 
    read_delim(delim="\t") 
## # A tibble: 10 × 9 
##   allele seq_num start end length peptide  ic50 percentile 
##   <chr> <int> <int> <int> <int>  <chr>  <dbl>  <dbl> 
## 1 HLA-A*01:01  1  2 10  9 LYNTVATLY 1286.92  1.3 
## 2 HLA-A*01:01  1  4 12  9 NTVATLYCV 6061.08  5.5 
## 3 HLA-A*01:01  1  3 11  9 YNTVATLYC 27896.52  21.0 
## 4 HLA-A*01:01  1  8 16  9 TLYCVHQRI 36774.77  24.0 
## 5 HLA-A*01:01  1  5 13  9 TVATLYCVH 49607.80  30.0 
## 6 HLA-A*01:01  1 10 18  9 YCVHQRIDV 56565.29  32.0 
## 7 HLA-A*01:01  1  7 15  9 ATLYCVHQR 83090.24  39.0 
## 8 HLA-A*01:01  1  1  9  9 SLYNTVATL 85418.12  40.0 
## 9 HLA-A*01:01  1  6 14  9 VATLYCVHQ 282195.45  68.0 
## 10 HLA-A*01:01  1  9 17  9 LYCVHQRID 491529.97  79.0 
## # ... with 1 more variables: rank <chr>