フィッシャー・テスト・エラー：LDSTPはどのように私は生データをmodifyngせずにこの問題を解決することができます

Question

入力

NN <- c(359,32);JJ <- c(108,13);NNS <- c(103,15);VBN <- c(95,9);RB <- c(63,11);NNP <- c(56,0);VBG <- c(55,10);IN <- c(38,16);VB <- c(20,10);CD <- c(17,6);CC <- c(11,6);DT <- c(11,4);MD <- c(8,5);PRP4 <- c(8,1);PRP <- c(7,4);FW <- c(5,1);VBD <- c(5,3);RBR <- c(4,0);VBP <- c(4,1);VBZ <- c(4,3);WRB <- c(4,2);EX <- c(3,1);NNPS <- c(2,0);WDT <- c(2,3);WP <- c(2,1);PDT <- c(1,1);POS <- c(1,0);RBS <- c(1,0);TO <- c(1,1);UH <- c(0,1) 
Finaltable <- 
cbind(NN,JJ,NNS,VBN,RB,NNP,VBG,IN,VB,CD,CC,DT,MD,PRP4,PRP,FW,VBD,RBR,VBP,VBZ,WRB,EX,NNPS,WDT,WP,PDT,POS,RBS,TO,UH) 
rownames(Finaltable) <- c("tag1","tag2") 
Finaltable 

chisq.test(Finaltable) 


fisher.test(Finaltable) 

出力

fisher.test(Finaltable) : FEXACT error 7. 
LDSTP is too small for this problem. 
Try increasing the size of the workspace. 

小さすぎます。この比較のための非パラメトリックテストはありますか？

Answer 1

引数をデフォルト値から増やすことはできますが、十分に大きくできるかどうかは分かりません（私はworkspace=2e8であきらめましたが、それでも失敗しました。メモリはworkspace=2e9です。）また、シミュレートされたp値を試すこともできます。 fisher.test(Finaltable,simulate.p.value=TRUE,B=1e7)などですが、p値が極端に小さいため、p値を超えて処理したい場合は非常に遅くなるため、膨大な数のシミュレーションが必要になります（B）。 （のほとんどのの目的では、pが<1e-7であることを知っていますが、いくつかのバイオインフォマティクスの文脈では、人々は信号強度の指標としてpを使用したいと思っています。これらのアプローチは、彼らはそこにいる...）