Plotlyの光沢のある入力からプロットが生成されない

Question

私はいくつかの品質管理データをクライアントに表示するために光沢のあるアプリケーションを構築しています。最初に、アプリケーションをGGplotの機能で作成しました。今、私はすべてのグラフをPlotly出力に変換しています。これらのプロットの1つ（ボックスプロット）。私はプロットに光沢のある入力セレクタを渡すことができないという問題があります。

GGplotでは、問題は全くなく、別のplotColumnを選択するたびにプロットが変更されます。ここでは、列解析の問題をaes_string関数で解決しました。基本的に私は何か似ています。

ワーキングGGPLOT例：

ggplot(finalDf, aes_string("runName",input$getBoxplotField),na.rm = T) + 
     geom_boxplot(aes_string(fill="runName"), notch = F) + 
     geom_jitter() + 
     scale_y_continuous(labels = format1) + 
     theme_bw() 

が機能していないPlot_ly例

p <- plot_ly(finalDf,x = runName, y = input$getBoxplotField, type = "box") 

exampleDf

> dput(head(finalDf)) 
structure(list(runName = c("Gentrap.1451849446759", "Gentrap.1451849446759", 
"Gentrap.1451849446759", "Gentrap.1451849446759", "Gentrap.1451849446759", 
"Gentrap.1451849446759"), sampleName = c("Hart_FC42b_L5_I2_SRD329", 
"S1", "S2", "S3","S4", "S5"), readGroupName = c(NA, 
NA, NA, NA, NA, NA), maxInsertSize = c(227615351L, 202850798L, 
249001722L, 234388122L, 188295691L, 249009605L), medianCvCoverage = c(0.501303, 
0.494183, 0.574364, 0.487233, 0.495491, 0.483041), medianInsertSize = c(197L, 
203L, 200L, 208L, 200L, 194L), median3PrimeBias = c(0.283437, 
0.263973, 0.372476, 0.266946, 0.296308, 0.292954), median5PrimeBias = c(0.139005, 
0.21233, 0.123449, 0.185168, 0.169128, 0.152902), median5PrimeTo3PrimeBias = c(0.586081, 
0.9234, 0.409042, 0.83276, 0.680496, 0.640518), nBasesAligned = c(1627112497, 
1572782400, 1772774189, 1595461211, 1593529487, 1705441762), 
    nBasesCoding = c(795255442, 778886694, 762223625, 819014623, 
    759061861, 838846117), nBasesIntergenic = c(140893219, 176728812, 
    194156767, 120900630, 137267440, 148815172), nBasesIntron = c(134528982, 
    111795186, 121091943, 96554581, 142587231, 139962698), nBasesRibosomal = c(NA, 
    NA, NA, NA, NA, NA), nBasesUtr = c(556434854, 505371708, 
    695301854, 558991377, 554612955, 577817775), nCorrectStrandReads = c(NA_integer_, 
    NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_ 
    ), nIncorrectStrandReads = c(NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, 
    NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_), nReadsAligned = c(33157934L, 
    32082625L, 36181227L, 32595741L, 32538544L, 34783342L), nReadsProperPair = c(31935921L, 
    30983730L, 35015854L, 31358224L, 31405592L, 33479007L), nReadsSingleton = c(3919886L, 
    4311016L, 4382092L, 3848808L, 3873270L, 4122759L), nReadsTotal = c(37077604L, 
    36393382L, 40563115L, 36444288L, 36411547L, 38905908L), pctChimeras = c(0.004783, 
    0.003078, 0.003063, 0.004278, 0.002983, 0.00485), rateIndel = c(0.000071, 
    0.000076, 0.000081, 0.000066, 0.000072, 0.00007), rateReadsMismatch = c(0.001438, 
    0.001643, 0.001627, 0.001467, 0.001716, 0.001471), stdevInsertSize = c(120.677992, 
    129.927513, 114.820226, 138.486257, 118.98163, 115.25774), 
    group = c("Gentrap.1451849446759", "Gentrap.1451849446759", 
    "Gentrap.1451849446759", "Gentrap.1451849446759", "Gentrap.1451849446759", 
    "Gentrap.1451849446759")), .Names = c("runName", "sampleName", 
"readGroupName", "maxInsertSize", "medianCvCoverage", "medianInsertSize", 
"median3PrimeBias", "median5PrimeBias", "median5PrimeTo3PrimeBias", 
"nBasesAligned", "nBasesCoding", "nBasesIntergenic", "nBasesIntron", 
"nBasesRibosomal", "nBasesUtr", "nCorrectStrandReads", "nIncorrectStrandReads", 
"nReadsAligned", "nReadsProperPair", "nReadsSingleton", "nReadsTotal", 
"pctChimeras", "rateIndel", "rateReadsMismatch", "stdevInsertSize", 
"group"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame") 

server.R

shinyServer(function(input, output, session) { 
    output$selectBoxplotField <- renderUI({ 
    selectInput("getBoxplotField", label = "Select variable to plot", choices = names(getAllSampleStats())) 
    }) 

output$boxplot <- renderPlotly({ 
    finalDf #as defined above in the example 
    p <- plot_ly(finalDf, x = runName, y = input$getBoxplotField , type = "box") 
}) 
} 

GUI.R

shinyUI(navbarPage(
    theme = "bootstrap_sandstone.css", 
    "SPIN", fluid = T, 
    tabPanel("Gentrap", 
      fluidPage(fluidRow(
      sidebarlogin(pipelineName = "gentrap"), 
      column(10, 
        tabsetPanel(
         tabPanel("Metrics distribution", 
           fluidRow(
           column(2), 
           column(8, plotlyOutput("boxplot")), 
           column(2) 
           ), 
           fluidRow(
           column(3, uiOutput("selectBoxplotField")), 
           column(3, checkboxInput("checkboxplot", label = "Compare to All", value = TRUE)) 
           ), 
           fluidRow(
           column(9, helpText("If no plot shows up it means this data is not present in the Sentinel QC database")) 
           )), 
        )) 
      ))) 
)) 

Answer 1

問題は直接XにDFプラスカラムを通過させることによって固定され、Yは、最初の引数としてDF名を通過せずに軸。

これが行われたとき

適切なプロットが生成されます。

plot_ly(x = finalDf[,'runName'], y = finalDf[,input$getBoxplotField] , type = "box", color = 'red') %>% 
    layout(xaxis = list(showticklabels = FALSE, title = ''), yaxis = yName) 

これは間違っている：

plot_ly(finalDf, x = runName, y = input$getBoxplotField , type = "box", color = 'red') %>% 
    layout(xaxis = list(showticklabels = FALSE, title = ''), yaxis = yName)