bashのループ可変制御のためのスクリプト

Question

私は、ファイル内のライブこのbashのコードを持っている：forループの外部を使用してgaruns_opt_my.scr

#!/bin/bash 
#PBS -S /bin/bash 
#PBS -N garunsmodel 
#PBS -l mem=2g 
#PBS -l walltime=1:00:00 
#PBS -e error/error.txt 
#PBS -o error/output.txt 
#PBS -A improveherds_my 
#PBS -m ae 

set -x 


nodeDir=`mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX` 
cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir 
cp /group/dairy/phuongho/jo/parity1/my/simplex.bin $nodeDir/garuns/simplex.bin 
cp /group/dairy/phuongho/jo/parity1/nttp.txt $nodeDir/garuns/my.txt 
cp /group/dairy/phuongho/jo/parity1/delay_input.txt $nodeDir/garuns/delay_input.txt 

cd $nodeDir/garuns 

module load gcc vle 

XXX=`pwd` 

sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz 

awk 'NR == 1 || $8=="'$c'" my.txt > simplex-observed.txt 
awk 'NR == 1 || $7=="'$c'" {print $6}' delay_input.txt > afm_param.txt 
cp "/group/dairy/phuongho/garuns_param.txt" "$nodeDir/garuns/garuns_param.txt" 

./simplex.bin 


awk 'NR >1' < simplex-optimum-output.csv>> /group/dairy/phuongho/jo/parity1/my/finalresuls${c}.csv 
cp simplex-all-output.csv "/group/dairy/phuongho/jo/parity1/my/simplex-all-output${c}.csv" 
#awk '$28==1{print $1, $12,$26,$28,c}' c=$c out/exp_tempfile.csv > /group/dairy/phuongho/jo/parity1/my/simulated_my${c}.csv 
cp /out/exp_tempfile.csv /group/dairy/phuongho/jo/parity1/my/exp_tempfile${c}.csv 

rm simplex-observed.txt 
rm garuns_param.txt 

私は何をしようとしていますが上記のbashスクリプトをQSUBすることである「n」は時間が住んでいましたどちらもgaruns_opt_my.scrとrun.shが同じディレクトリに配置されている

for rep in {1..2}; 
do qsub -V c=$rep garuns_opt_my.scr; 
sleep 7m; 
done 

をrun.shの はしかし、私は次のエラーを受け取りました：QSUB：スクリプトファイル「C = 1」をロードすることはできません - そのようなファイルを。 あなたはprobが何であるか把握するのを手伝ってもらえますか？レム。 また、run.shからgaruns_opt_my.scrへの変数repを渡す方法が正しいかどうかはわかりません。 おかげ

Answer 1

qsubコマンドの右の使用法は次のようになります。

qsub -V -c c=$rep garuns_opt_my.scr 

のqsub man pagesによると：

-c interval 
      Define whether the batch job should be checkpointed, and if so, 
      how often. 

    The qsub utility shall accept a value for the interval option-argument 
    that is one of the following: 

    n 
      No checkpointing shall be performed on the batch job 
      (NO_CHECKPOINT). 

    s 
      Checkpointing shall be performed only when the batch server is 
      shut down (CHECKPOINT_AT_SHUTDOWN). 

    c 
      Automatic periodic checkpointing shall be performed at the 
      Minimum_Cpu_Interval attribute of the batch queue, in units of 
      CPU minutes (CHECKPOINT_AT_MIN_CPU_INTERVAL). 

    c=minutes 
      Automatic periodic checkpointing shall be performed every 
      minutes of CPU time, or every Minimum_Cpu_Interval minutes, 
      whichever is greater. The minutes argument shall conform to the 
      syntax for unsigned integers and shall be greater than zero.