2017-11-09 8 views
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これは他のところでカバーされている場合は事前にお詫びしますが、私は簡単な解決策を見つけることができません。ローリングウインドウを使用したすべての位置の密度の計算R

私のデータは、このように配置されている(これらは変動の位置やのSNP表す):今、私は別の位置にこれらのSNPの密度を計算したい

83353 
83364 
83402 
83530 
83539 
83728 
83929 
83932 
83950 
83998 
84001 
84136 
84148 
84184 
84187 
84190 
84205 
84241 
84247 
84250 
84253 
84259 
84264 

を、SNPの#何であるすなわち周囲の位置?

私はrollapplyに似た何かをしたいと思っています。そこでは、どれくらいのSNPが+/- 50であるかを計算できます。 83879-83979範囲](+/- 100と+/- 500など)。

ご協力いただきまして誠にありがとうございます。

編集:ここでのSNP

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SNPとは何かを明確にしてください – Heikki

答えて

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を明らかにしようとしたZはSNP位置を有するベクトルであるものとする試みです。

window <- 50 
lapply(z, function(x){ 
    m <- x + window #window max 
    n <- x - window #window min 
    seq = n:m #all positions from min to max 
    return(length(z[z%in%seq])) #number of snp found in seq 
    }) 
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ありがとうございます - 非常にきれいに解決しました – krepsen

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