pipでインストールされたパッケージを見つけることができません。

Question

Macでは、Python 3.6のセットアップをしようとしています。

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ which pip3 
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/pip3 
Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ which python3 
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3 

その後、

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ pip3 list 
DEPRECATION: The default format will switch to columns in the future. 

You can use --format=(legacy|columns) (or define a format=(legacy|columns) in your pip.conf under the [list] section) to disable this warning. 
biopython (1.70) 
certifi (2017.7.27.1) 
chardet (3.0.4) 
cycler (0.10.0) 
decorator (4.1.2) 
idna (2.6) 
ipython-genutils (0.2.0) 
jsonschema (2.6.0) 
jupyter-core (4.3.0) 
matplotlib (2.0.2) 
nbformat (4.4.0) 
numpy (1.13.1) 
olefile (0.44) 
Pillow (4.3.0) 
pip (9.0.1) 
plotly (2.0.15) 
pyparsing (2.2.0) 
python-dateutil (2.6.1) 
pytz (2017.2) 
requests (2.18.4) 
setuptools (28.8.0) 
six (1.10.0) 
traitlets (4.3.2) 
urllib3 (1.22) 

のでbiopythonは

間違いなくインストール

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ python3 -m pip install biopython 
Requirement already satisfied: biopython in /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages 
Requirement already satisfied: numpy in /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages (from biopython) 

をインストールしているようです。

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ python3 
Python 3.6.2 (v3.6.2:5fd33b5926, Jul 16 2017, 20:11:06) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] on darwin 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> import urllib3 
>>> import biopython 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
ModuleNotFoundError: No module named 'biopython' 
>>> 

urllib3は新しくインストールされたパッケージではなく動作します。 pipでアンインストールして再インストールしても何の効果もありませんでした。私は間違って何をしていますか？私は特にPythonやOSXに慣れていません。私のコンピュータにはPython 2.7がプリインストールされていましたが、私はこのコマンドでPython3を使用するよう注意しました。

Answer 1

私たちはいくつかのPythonモジュールを使用するとき、通常>>> import moduleと書いています。たとえば、>>> import urllib3です。しかし、biopythonを含むいくつかのパッケージは、このルール外です。 >>> import Bioと>>> print(Bio.__version__)と入力してください。詳しくはhttp://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.htmlをご確認ください。

--original answer--

次のスクリプトを入力してみてください：

>>import sys 
>>print(sys.path) 

私はそこ/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packagesはありませんが、python2のモジュールパスだけだと思います。あなたは一時的にこの問題を解決したい場合は

、以下を使用してください：

>>sys.path.append("/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages") 

~/.bash_profileでPYTHONPATHを定義し、あなたはいつものpython3を使用する場合は、あなたの端末を再起動してください：

PYTHONPATH=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages:$PYTHONPATH