どのように相関行列を読み、私はR

Question

に散布マトリックスを形成するために、Excelの相関行列は、以下：

dfA <- read.table(text= 
     "beta1 beta2 beta3 beta4 beta5 beta6  X  X2  X3 
beta1 1.0000 -0.2515 -0.2157 0.7209 -0.7205 0.4679 0.1025 -0.3606 -0.0356 
beta2 -0.2515 1.0000 0.9831 0.1629 -0.1654 -0.5595 -0.0316 0.0946 0.0829 
beta3 -0.2157 0.9831 1.0000 0.1529 -0.1559 -0.4976 -0.0266 0.0383 0.0738 
beta4 0.7209 0.1629 0.1529 1.0000 -1.0000 -0.2753 0.0837 -0.1445 0.0080 
beta5 0.4679 -0.5595 -0.4976 -0.2753 1.0000 0.2757 0.0354 -0.3149 -0.0596 
beta6 -0.7205 -0.1654 -0.1559 -1.0000 0.2757 1.0000 -0.0837 0.1451 -0.0081 
X  0.1025 -0.0316 -0.0266 0.0837 -0.0837 0.0354 1.0000 0.0278 -0.0875 
X2 -0.3606 0.0946 0.0383 -0.1445 0.1451 -0.3149 0.0278 1.0000 0.2047 
X3 -0.0356 0.0829 0.0738 0.0080 -0.0081 -0.0596 -0.0875 0.2047 1.0000", 
     header=TRUE) 

私は相関行列を持っていないマトリックスが形成される元のデータ、そう、私はこのコードでRに行列にこの行列を読み取ろうとしました：

library(corrplot) 
corrplot(B, method="circle") 

：

B <- as.matrix(dfA) 

しかし、私は次のコードで散布図行列を形成しようとすると、

私はエラー

Error in corrplot(B, method = "circle") : The matrix is not in [-1, 1]! 

は親切にこの問題で私を助け受けます。

Answer 1

corrplot（）ソリューション上記user20650のコメントに基づいてggplotを使用して私の最初のポストへ

更新。 user20650は、可能性のあるエラーの原因が、いくつかの数値が許容範囲[-1,1]の範囲外になるミスを丸めていたことと、この問題を解決する丸めであることを示しています。私は、corrplot（）を使ってプロットを生成することもできました。

corMat<-as.matrix(dfA) 

library('corrplot') 
corrplot(corMat, method='circle') 

ggplotあなたはまた、いくつかの追加の手順でggplot2でこれを行うことができます（）ソリューション

：corrplotを実行しているこの時点で

は、（）は、次のプロットを生成します。私は個人的にははるかに良く見えると思う。

1）マトリックスの下三角で冗長な情報を取り除きます。

corMat[lower.tri(corMat)]<-NA 

> print(corMat) 
     beta1 beta2 beta3 beta4 beta5 beta6  X  X2  X3 
beta1  1 -0.2515 -0.2157 0.7209 0.4679 -0.7205 0.1025 -0.3606 -0.0356 
beta2 NA 1.0000 0.9831 0.1629 -0.5595 -0.1654 -0.0316 0.0946 0.0829 
beta3 NA  NA 1.0000 0.1529 -0.4976 -0.1559 -0.0266 0.0383 0.0738 
beta4 NA  NA  NA 1.0000 -0.2753 -1.0000 0.0837 -0.1445 0.0080 
beta5 NA  NA  NA  NA 1.0000 0.2757 -0.0837 0.1451 -0.0081 
beta6 NA  NA  NA  NA  NA 1.0000 0.0354 -0.3149 -0.0596 
X  NA  NA  NA  NA  NA  NA 1.0000 0.0278 -0.0875 
X2  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA 1.0000 0.2047 
X3  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA 1.0000 

2）それから私はreshape2使用::溶融（）長い形式に変換行列と2つのだけ小数点以下まで表示値のフォーマットされたバージョンを作成します。これはプロットに便利です。ラベルを印刷するために）主にgeom_tileに頼る（）マトリックスとgeom_textを（印刷する - 最後に、私はggplot2にこのデータをフィード

> head(m) 
    Var1 Var2 value value_lab 
1 beta1 beta1 1.0000  1.00 
10 beta1 beta2 -0.2515  -0.25 
11 beta2 beta2 1.0000  1.00 
19 beta1 beta3 -0.2157  -0.22 
20 beta2 beta3 0.9831  0.98 
21 beta3 beta3 1.0000  1.00 

3）：

library(reshape2) 
m<-melt(corMat) 
m<-data.frame(m[!is.na(m[,3]),]) # get rid of the NA matrix entries 
m$value_lab<-sprintf('%.2f',m$value) 

は、ここでのデータは次のようになります。各タイルの上にあなたが望むなら、あなたはこれをさらに飾ることができます。

library(ggplot2) 
ggplot(m, aes(Var2, Var1, fill = value, label=value_lab),color='blue') + 
    geom_tile() + 
    geom_text() + 
    xlab('')+ 
    ylab('')+ 
    theme_minimal()