ヒートマップをRで生成する（複数の独立変数）

Question

似たような質問がいくつかありますが、探している質問はありません。 私は、複数の独立した変数を持つ遺伝子発現データを持っています。 Rでヒートマップを使用して視覚化したいと思います.3つの変数をすべてヒートマップに含めることはできません。以下にその例コードを示します。

species <- rep(c("st", "rt"), each = 18) 
life <- rep(c("5d", "15d", "45d"), 2, each = 6) 
concentration <- rep(c("c1", "c2", "c3"), 6, each = 2) 
gene <- rep(c("gene1", "gene2"), 36, each = 1) 
response <- runif(36, -4, 4) 
data1 <- data.frame(species, life, concentration, gene, response) 

私はいずれかのパッケージを使用しています。別のデータセットの下の画像を参照してください。同様の方法でデータを視覚化したいと思います。

example_data_visualized

事前に感謝します！

Answer 1

私はあなたのチャートのディメンションのどのしかし、ggplot2パッケージを使用し、それはそれを行うのは非常に簡単です対応して、あなたのコード内の変数のかわからないです。もちろん

library(ggplot2) 

ggplot(data1, aes(x = factor(life, levels = c("5d", "15d", "45d")), 
        y = concentration, 
        fill = response)) + 
    geom_tile() + 
    facet_wrap(~species + gene, nrow = 1) + 
    scale_fill_gradient(low = "red", high = "green", guide = FALSE) + 
    scale_x_discrete(name = "life") 

、することができますタイトル、ラベル、色などを調整します。