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...整列メタゲノムは、複数のサンプルが、私はアミノ酸配列で働いていますので、
揃えるか〜と〜の評価私の系統樹に（OTU代表）を読み出します。
リファレンスシーケンスと各シーケンスの分類（ドメイン、サブドメイン、ニックネームなどなど）を与えるtxtファイルを含むfastaファイルがあります。まず、これらのシーケンスを持つツリーを構築して、それらが属しているカテゴリに従ってグループ化していることを確認する必要があります。例：ドメインAグループに属するシーケンス、サブドメインA1グループに属するシーケンスなど。
...私は、metagenomicの読み込みから派生したOTUの代表を含むfastaファイルと、20人のサンプルのそれぞれにどれくらい多くのこれらの代表が存在するかを宣言するOTUのカウントテーブルを得ました。これらのOTUシーケンスを以前に構築されたツリーに整列させる必要があります〜そして、各サンプルが充実しているカテゴリをチェックするために、サンプルごとのカウントを検討してください。
どのようなソフトウェアを使用しますか？
ありがとうございました！