2つのファイル（fastaとtxt）を比較します。一致する場合は、fastaヘッダーにtxtファイルの値を付加します。

Question

参照テキストファイルの情報に基づいてFASTAヘッダーを変更したいとします。だから私は2つのファイルを持っていると言う：（タブ区切り参照）

FILE1.TXT

chr1:100-1000(+) ORF1_ORF2_ 
chr2:30-400(-)  ORF2_ 
chr3:50-4500(+) 
chr4:60-800(-)  ORF1_ 

file2.fasta

>chr1:100-1000(+) 
TTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAA 
>chr2:30-400(-) 
GGGGGGAGAGAGATCTCTGAGCTAGTCATCGTAGCTAGTCATGGGG 
>chr3:50-4500(+) 
ATGCGCGAGCGAGCGCGACGATCATCGTAGCTACAAAAAAAAAAAG 
>chr4:60-800(-) 
AGTCTAGCTATCGTAGCTGATCGTAGCTAGCTGATCGTAGCTAGTC 

私が識別するためにFILE1.TXTから$ 1使いたいですfile2.fastaの対応するヘッダー。一致するものがあれば、現在のヘッダーにfile1.txtから$ 2を付加します。だから、所望の出力は次のようになります。

>ORF1_ORF2_chr1:100-1000(+) 
TTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAA 
>ORF2_chr2:30-400(-) 
GGGGGGAGAGAGATCTCTGAGCTAGTCATCGTAGCTAGTCATGGGG 
>chr3:50-4500(+) 
ATGCGCGAGCGAGCGCGACGATCATCGTAGCTACAAAAAAAAAAAG 
>ORF1_chr4:60-800(-) 
AGTCTAGCTATCGTAGCTGATCGTAGCTAGCTGATCGTAGCTAGTC 

output.fasta

私は2つのファイルから列を比較するために、過去にはawkを使用しましたが、私はにテキストファイルを比較する方法についての困惑しますfastaファイル（カラムの代わりにヘッダとシーケンスがある）。どんな助けも素晴らしいだろう！

Answer 1

$ awk 'NR==FNR{m[">"$1]=$2;next} {sub(/^>/,"&"m[$0])} 1' file1 file2 
>ORF1_ORF2_chr1:100-1000(+) 
TTTTGAGAGGACTTCTCTGAGAGCTATGCTAGTCATCGAGGGGAAA 
>ORF2_chr2:30-400(-) 
GGGGGGAGAGAGATCTCTGAGCTAGTCATCGTAGCTAGTCATGGGG 
>chr3:50-4500(+) 
ATGCGCGAGCGAGCGCGACGATCATCGTAGCTACAAAAAAAAAAAG 
>ORF1_chr4:60-800(-) 
AGTCTAGCTATCGTAGCTGATCGTAGCTAGCTGATCGTAGCTAGTC 

上記のファイル1の$ 2は、&を含むことはできません。