関数の最適化のデバッグ

Question

私は、与えられたパラメータ-logLikを計算するように要求されたときにうまく動作する関数を持っています。ただし、関数を最適化しようとすると、エラーメッセージが返されます。私はdebug()に精通していますが、関数の問題を解決するにはどうすればよいのですか？

Lik <- function(params, data) { 
.... 
return(-log(**likelihood equation**)) 
} 

これらの作業！

Lik(params=c(3,10,2,9,rowMeans(data[1,])[1]), data = data1) 
Lik(params=c(3,10,2,9.5,rowMeans(data[1,])[1]), data = data1) 

GENE1 32.60705

GENE1 32.31657

これは動作しません！ OPTIMで

optim(params=c(3,10,2,9,rowMeans(data[1,])[1]), data = data1, Lik, method = "BFGS") 

エラー（のparams = Cの（3、10、2、9、rowMeans（データ[1]）[1]）、データ= DATA1、： タイプを強制することができない '閉鎖'オブジェクト名は、ユーザーが作成した（または作成する）として、「ダブル」タイプのベクトルに

Answer 1

optimパラメータ名は、parないparams。あなたがいませんLik関数を変更する必要があるだけで、最初の引数として最適化するパラメータが必要です。名前は関係ありません。

ここでも私はfn引数を指定しますが、ポジショニング所見と名づけられた。

optim(par=c(3, 10, 2, 9, rowMeans(data[1, ])[1]), 
     data=data1, fn=Lik, method="BFGS") 

だから何があなたのコード内で起こっていたが、それが機能に送信するparamsとdataの両方を節約して、そしてそれがoptimの最初のパラメータにマッチなっていたので、最初の無名のパラメータはLikた、そのことでしたparは、最適化するパラメータです。そのパラメータは数値（技術的には二重）でなければなりませんが、関数（クロージャ、技術的に）、つまりエラーメッセージを送信しています。

デバッグするには、デバッグを有効にしてdebug(optim)を有効にしてから、最初のブラウズで、使用していたパラメータが何であるかを調べることができます。あなたは正確にこれを見つけただろうが、単にパラメータを調べるだけで、間違って名前を付けたことに気付くだろう。

Browse[2]> print(par) 
function(params, data) {... return(-log(**likelihood equation**))} 
Browse[2]> print(fn) 
Error in print(fn) : argument "fn" is missing, with no default 

Answer 2

それは組み込み関数名を使用するには、悪い習慣がある。

ない「データ」オブジェクトが存在しない場合には（マトリクスまたはデータフレーム）を作成すると、Rインタープリタは環境をスキャンし、唯一のオブジェクト「データ」という名前は、「データ」機能で構築されています。

> class(data) 
[1] "function" 
> str(data) 
function (..., list = character(), package = NULL, lib.loc = NULL, verbose = getOption("verbose"), 
    envir = .GlobalEnv) 

そこでRはサブセット化することができませんクロージャ（関数宣言）として「データ」オブジェクトを扱います：

> data[1] 
Error in data[1] : object of type 'closure' is not subsettable 

だから、パラメータの名前をデータ以外のsthに変更する必要があります。

そして第二の点、OPTIMの構文は次のとおりです。

optim(par, fn, gr = NULL, ..., 
      method = c("Nelder-Mead", "BFGS", "CG", "L-BFGS-B", "SANN", 
         "Brent"), 
      lower = -Inf, upper = Inf, 
      control = list(), hessian = FALSE) 

だからあなたの例では、OPTIMに供給された2番目のパラメータが機能リク、ではないデータでなければなりません。インタプリタは、データ1をクロージャとして解釈しようとします。 data1とLikの位置を入れ替えることができます。

さらに重要なのは、@李哲源ZheyuanLiも指摘しているように、「データ」という名前の最適化パラメータはありません。追加の関数パラメータ "..."の代わりに "data1"と書くだけです。

そして最後も@Aaronが指摘したように、最初のパラメータは「「パー」がparamsはないと命名される。パラメータがオーバー最適化するために