TCGAbiolinks：GDCprepare機能の問題

Question

TCGAbiolinksを使用して発現マトリクスを作成する予定です.PAADRnaseqSE < - GDCprepare（query_RNA_Seq）関数をGene Expression Quantificationデータをダウンロードした後に実行しようとしていますが、次のようなエラーメッセージが表示されます。

> PAADRnaseqSE <- GDCprepare(query_RNA_Seq) 
    |=================================================================================================================================| 100% 
Downloading genome information (try:0) Using: Homo sapiens genes (GRCh37.p13) 
Starting to add information to samples 
=> Add clinical information to samples 
Error: lexical error: invalid char in json text. 
             <?xml version="1.0" ?> <respons 
        (right here) ------^ 

問題を解決するために何かできますか？

Answer 1

は、パッケージを更新してみてください。

devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") 

問題が解決しない場合は、別のブランチが（このパッケージhttps://github.com/Bioconductor/GenomicDataCommonsを使用して）別のコードでもあります。あなたはそれをインストールし、バグが持続するかどうか試してみてください。

devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks",ref = "GenomicDataCommons") 

Answer 2

私はそれを解決できませんでした。

devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks", dependencies = T) 

でも、RStudioもR端子もありません。しかし、私はスーパーユーザーとしてそれを行う。

sudo R devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks", dependencies = T) 

問題が解決しました。