ローカルにR-develをインストールしているGfortranエラー

Question

私は数時間Web上でサークルに参加していますので、私はあきらめてプロに尋ねる必要があります。

私はUbuntuサーバーのローカルフォルダに新しいバージョンのRをインストールしようとしています。私は特定のパッケージ（Phangorn）が必要ですが、Rのシステム全体のコピーは古すぎます。それは他の人の依存をあまりにも多く（つまり私は管理者ではありません）壊すので、アップグレードできません。

したがって、私はR-devel最新バージョンをダウンロードし、これらの優れた指示（http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315）に従っています。 zlib、liblzma（XZ）、pcre（now ~/packages）のコピーをインストールする必要がありました。私はカールとbzip2を行う必要はありませんでした。それがあるので、これは十分な問題を引き起こしたが、はるかにfaffingた後、私はその中にPhangornをインストールしようとすると、しかし、それは私に次のエラーを与え、正常R.

をコンパイルすることができました：

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
make: *** [igraph.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’ 
* removing ‘/home/wms_joe/bin/R-devel/library/igraph’ 
ERROR: dependency ‘igraph’ is not available for package ‘phangorn’ 
* removing ‘/home/wms_joe/bin/R-devel/library/phangorn’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpahSdck/downloaded_packages’ 
Updating HTML index of packages in '.Library' 
Making 'packages.html' ... done 
Warning messages: 
1: In install.packages("phangorn") : 
    installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("phangorn") : 
    installation of package ‘phangorn’ had non-zero exit status 

ですから、私がPhangornがgfortranに依存するigraphに依存し、Rがそれを見つけることができないと言うことができます。

それはこのスレッドで説明するように同じ問題になりそうだ。 Building R package getting error "ld: cannot find -lgfortran "

しかし、ソリューションのすべてがsoftlinkingので、完全にインストール地元をやって、私のポイントを敗北sudoを必要とする必要があるように見える：/

私のオプションは何ですか？自分のディレクトリにlgfortranをダウンロードした場合（問題が解決されたと仮定して）、どこにリンクする必要がありますか？

Answer 1

これらはUbuntuではなくRHEL6のための「優れた説明書」ではありません。だからあなたはインピーダンスのミスマッチがあります。 Ubuntuの、あなたの最速の賭け（あなたはSRC-DEPの依存関係を持っている場合）には

は（

sudo apt-get build-dep r-base 

は2番手のdebian /コントロールから構築依存を読み取るために、パッケージメタデータソースを見てですが、オンラインコピーがないようです）。

phanghornとして、あなたもにそのソースをダウンロードして、ちょうど特定のRバージョンの要件を離れて編集し、何が起こるかを見るために試みることができる - 時々これはちょうど、ビネット言う、との変更のためのものであり、影響はありませんあなたのユーザビリティはまったくありません。

最後に、gfortranコンポーネントがないためにigraphをビルドできなかったため、ビルドに失敗しました。可能であれば、お使いのコンパイラのバージョンに対応するlibgfortran-*-devパッケージをインストールしてください。r-base-devをインストールすると、それが保証されます。

最後に、Dockerのようなものを考えて、インストールされているプログラムのローカルバージョンを実行してみましょう。