scipy凝縮距離行列を下側の行列から下側の行列に変換します。

Question

私は行列を下位の三角形に変換する必要があるC関数に渡す必要があるscipyからの凝縮距離行列を読み込みます。たとえば：[1,2,3,4,5,6]が、私は、行によって読み取ら下三角形がある

0 
1 0 
2 4 0 
3 5 6 0 

に変換する必要があります：

0 1 2 3 
    0 4 5 
    0 6 
     0 

はこれを凝縮形式は[1,2,4,3,5,6]。

私は、コンパクトな距離行列をこの形式に変換することを冗長な行列を作成せずに望んでいました。ここ

Answer 1

クイック実装の - それは、中間ステップとして正方形冗長距離行列を作成する：

In [128]: import numpy as np 

In [129]: from scipy.spatial.distance import squareform 

cは、距離行列の凝縮形である：

In [130]: c = np.array([1, 2, 3, 4, 5, 6]) 

dであります冗長二乗距離行列：

In [131]: d = squareform(c) 

のここにあなたの凝縮しています下三角距離：

In [132]: d[np.tril_indices(d.shape[0], -1)] 
Out[132]: array([1, 2, 4, 3, 5, 6]) 

---

はここで冗長な距離行列を形成することを回避する方法です。関数condensed_index(i, j, n)は、j>iの行とj>iの冗長距離行列の列jを受け取り、対応するインデックスを圧縮距離配列に返します。

In [169]: def condensed_index(i, j, n): 
    ...:  return n*i - i*(i+1)//2 + j - i - 1 
    ...: 

上記のように、cは凝縮距離アレイである。

In [170]: c 
Out[170]: array([1, 2, 3, 4, 5, 6]) 

In [171]: n = 4 

In [172]: i, j = np.tril_indices(n, -1) 

引数は、次の呼び出しで逆になっていることに注意してください。

In [173]: indices = condensed_index(j, i, n) 

indicesは凝縮距離アレイの所望の順列を与えます。

In [174]: c[indices] 
Out[174]: array([1, 2, 4, 3, 5, 6]) 

（condensed_index(i, j, n)がthis questionには、いくつかの答えに与えられたと基本的に同じ機能。）