Pythonで* .mhd/*。rawフォーマットを読む

Question

誰でも.mhd/ .rawファイルを含むデータセットをPythonで読むことができますか？

Answer 1

最も簡単な方法は、SimpleITKを使用することです。コマンド

pip install SimpleITK 

は多くのPythonバージョンで動作します。 .mhdを読み取るための/あなたはこのコードを使用すると、これは、zであなたにnumpyの配列を与えるSimpleITK

import skimage.io as io 
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk') 

インストール後も簡単かもしれskimageを使用してfrom kaggle

import SimpleITK as sitk 
import numpy as np 
''' 
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image. 
''' 

def load_itk(filename): 
    # Reads the image using SimpleITK 
    itkimage = sitk.ReadImage(filename) 

    # Convert the image to a numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x 
    ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage) 

    # Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa. 
    origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin()))) 

    # Read the spacing along each dimension 
    spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing()))) 

    return ct_scan, origin, spacing 

Answer 2

（MedPyがあまりにも.mhd /た.rawファイルに対してITKを使用しています）あなたはMedPyを使用しようとすることができたり、このmhd_utils script

Answer 3

を使用することができます.RAW、Y、 xソーティング。