Rマイクロベンチマークの警告 - x評価のための実行時間を測定できませんでした

Question

私は動物園オブジェクトをプロットする関数を開発していますので、microbenchmarkを使用してさまざまなオプションの実行速度をベンチマークしています。

はしかし、私はmicrobenchmarkを実行するたびに、私は次のエラーを取得する：

Warning message:

In microbenchmark::microbenchmark(overlapping_base, overlapping_lattice, : Could not measure a positive execution time for 2524 evaluations.

評価の値が、私は、コードを実行するたびに変化しています。

私の推測では、ベンチマークの実行は完了できません。これは、私がmicrobenchmarkを実行するたびに非常に異なる応答（実行速度を大幅に変える）を得ることを意味します。そのため、どのプロット方法が最も簡単かを確認することができません。

私が使用しているコード：

library(lattice) 
library(ggplot2) 
library(zoo) 

z <- structure(c(-0.02838132, -0.02642141, -0.02511601, -0.02443906, 
-0.02414024, -0.02417388, -0.02451562, -0.02393946, -0.02242496, 
-0.02104852, 0.01739089, 0.01981665, 0.02210309, 0.02376982, 
0.02496479, 0.02538433, 0.02558674, 0.02642987, 0.02848319, 0.0305888, 
-0.02174604, -0.01987625, -0.01885374, -0.01837707, -0.01820114, 
-0.01826306, -0.01862707, -0.01826593, -0.01710169, -0.01580846, 
-0.00849795, -0.00590564, -0.00353068, -0.00165086, -0.00038422, 
0.00032302, 0.00035668, 0.00161519, 0.00415983, 0.00657286, 0.00965842, 
0.01212343, 0.01442211, 0.01579477, 0.01667243, 0.01666898, 0.01611297, 
0.01692785, 0.01928281, 0.02143322, -0.0194464, -0.01757103, 
-0.0158406, -0.01457289, -0.01380771, -0.0135324, -0.0140401, 
-0.01340732, -0.01169943, -0.00988943, -0.02916019, -0.02673978, 
-0.02466732, -0.0237339, -0.02308799, -0.02317864, -0.02376145, 
-0.0227629, -0.02004088, -0.01753194, -0.05127982, -0.04929435, 
-0.04880177, -0.04996632, -0.05004232, -0.0493009, -0.05101994, 
-0.05113115, -0.04892411, -0.0475149, -0.07164312, -0.0686314, 
-0.0660294, -0.06348602, -0.06356825, -0.06302109, -0.06276327, 
-0.06209531, -0.05954085, -0.05830172, 0.01311737, 0.0148998, 
0.01550045, 0.01542315, 0.01480778, 0.01336875, 0.01106039, 0.01161289, 
0.01314323, 0.0142203, -0.07079136, -0.06946734, -0.06746012, 
-0.06623026, -0.06813571, -0.06920641, -0.07168502, -0.0710586, 
-0.06919208, -0.06819284, -0.04583223, -0.04687478, -0.04720935, 
-0.04925846, -0.04846798, -0.05010275, -0.04891061, -0.04988978, 
-0.04763314, -0.04486417, 0.01508285, 0.01771387, 0.01775548, 
0.0186012, 0.01964036, 0.0206486, 0.02302578, 0.02525439, 0.02973214, 
0.0317942, 0.00488448, 0.00831908, 0.01058987, 0.01139279, 0., 
0.01294144, 0.01263533, 0.01327397, 0.01563062, 0.01794102, -0.00091997, 
-0.00010884, 0.00179444, 0.00415676, 0.00597374, 0.00498312, 
0.00294308, 0.00433847, 0.00660325, 0.00808107, 0.01277616, 0.0147175, 
0.01651502, 0.01767393, 0.0183272, 0.01811757, 0.01746553, 0.01833143, 
0.02001129, 0.02195872, 0.03273455, 0.03516022, 0.03719699, 0.03895484, 
0.04029506, 0.04113609, 0.04134692, 0.04248674, 0.0445687, 0.04700408, 
-0.03783289, -0.03577733, -0.03476676, -0.03349859, -0.03263628, 
-0.03324435, -0.0336928, -0.03278793, -0.03165878, -0.03065102, 
0.02888535, 0.03179749, 0.03449393, 0.03605427, 0.037507, 0.03839276, 
0.03837656, 0.03956103, 0.04147407, 0.0435806, -0.0104104, -0.00884235, 
-0.00788977, -0.007072, -0.00677401, -0.00643356, -0.0062355, 
-0.00593316, -0.00524193, -0.0045362, -0.07363815, -0.0713515, 
-0.06969982, -0.06867965, -0.0681607, -0.06815293, -0.06900493, 
-0.068134, -0.06649919, -0.06501484, 0.02291233, 0.02638201, 
0.02907269, 0.03113551, 0.03215457, 0.03223916, 0.03193051, 0.03326608, 
0.03605787, 0.03868543, -0.14471737, -0.14382875, -0.1425845, 
-0.14208004, -0.14131485, -0.14088634, -0.14169012, -0.1417378, 
-0.14083509, -0.13993506, -0.04463136, -0.04119767, -0.03801833, 
-0.03594387, -0.03533695, -0.03557779, -0.03625033, -0.03449043, 
-0.03091173, -0.0278551), .Dim = c(10L, 24L), .Dimnames = list(
    NULL, c("CH1", "CH2", "CH3", "CH4", "CH5", "CH6", "CH7", 
    "CH8", "CH9", "CH10", "CH11", "CH12", "CH13", "CH14", "CH15", 
    "CH16", "CH17", "CH18", "CH19", "CH20", "CH21", "CH22", "CH23", 
    "CH24")), index = 1:10, class = "zoo") 

# benchmark plotting operations 
overlapping_base <- plot(z, screens = 1, col = 1:ncol(z)) 
overlapping_lattice <- xyplot(z, screens = 1, col = 1:ncol(z)) 
overlapping_ggplot2 <- autoplot(z, facets = NULL) + aes(linetype = NULL) 

microbenchmark::microbenchmark(overlapping_base, overlapping_lattice, overlapping_ggplot2, times = 1000) 

任意のアイデアを私は警告を取得したり、それを修正する方法をなぜですか？

Answer 1

非常に高速に実行されたものをベンチマークする場合、この警告は一般的です。ベンチマークを見ると、0 nsのタイミングが表示されます。ベンチマーク実行中に実際のプロットは行われないことに注意してください。

overlapping_baseを実行して、実際にベンチマークしていることを確認してください。 printにラップされていない場合、グリッドプロットは非インタラクティブな使用でプロットされないことに注意してください。

# benchmark plotting operations 
overlapping_base <- function() plot(z, screens = 1, col = 1:ncol(z)) 
overlapping_lattice <- function() print(xyplot(z, screens = 1, col = 1:ncol(z))) 
overlapping_ggplot2 <- function() print(autoplot(z, facets = NULL) + aes(linetype = NULL)) 

microbenchmark::microbenchmark(overlapping_base(), 
           overlapping_lattice(), 
           overlapping_ggplot2(), times = 10) 

#Unit: milliseconds 
#     expr  min  lq  mean median  uq  max neval cld 
# overlapping_base() 13.63389 19.36380 100.2684 152.1086 154.7808 160.4726 10 a 
# overlapping_lattice() 49.70754 51.79813 123.7162 125.9431 192.6951 204.0190 10 a 
# overlapping_ggplot2() 238.17771 249.62242 342.9059 388.5780 411.9674 420.9687 10 b 

：あなたのコードを修正