tarからエラーをキャッチして処理を続行します。

Question

私は.tar.gzファイルのリストをループし、untarして分析します。ここまでは順調ですね。問題は、一部のファイルが壊れている場合、untarがエラーをスローし、処理が停止することです。

私のコードは、そのようなものです：

f <- dir(path.to.files, pattern=".tar.gz") 
for(k in 1:length(f)){ 
    # make sure the temporary dir is empty 
    file.remove(dir(path = tempdir(), full.names = TRUE) 
    untar(f[k], exdir = tempdir()) 
    # do some analisys with the extracted files 
} 

私はむしろ、untarしからエラーをキャッチし、その破損したファイルをスキップし、単に私のループを続けるだろう。私はすでにtryとtryCatchを使用しようとしましたが、運がありません。

untarにエラーではなく警告を表示する方法はありますか？

Answer 1

tryCatchのfinally引数にnextを追加すると、ループを続行できます。次の例を考えてみましょう。ループは1から3まで実行され、反復値が出力されます。値が2に等しいとき、Rは、私の現在の作業ディレクトリに存在しないファイル "無題-3.synctex1.gz" を、untarするしようと

for(i in 1:3) { 
    print(i) 
    if(i == 2) tryCatch(untar("untitled-3.synctex1.gz"), finally=next) 
} 

[1] 1
[1加えて、接続を開くことができない：メッセージ警告：gzファイルで
を（path.expand（tarファイルデバッグ gzファイルにエラー（path.expand（tarファイル）、 "RB"）付き] 2
表示トレースバック

再実行）、 "rb"）： 圧縮ファイルを開くことができません 'タイトルD-3.synctex1.gz」、考えられる理由は 『いいえそのようなファイルやディレクトリは』
[1] 3

我々は、エラーメッセージや警告が表示されますが、ループは次の反復に継続して印刷します3番目の値。