Power Shellから送信するのではなく、C＃からAzureにコマンドを送信できるライブラリはありますか？たとえば、Set-MsolDomainAuthentication -DomainName $domainname -FederationBrandName $domainname -Authentication Federated -IssuerUri $issueruri -LogOffUri $logoffuriのようなコマンドです。C＃からazureにコマンドを送信する
考えられるのは、APIコールでコマンドを受け取り、Powerシェルでコマンドを実行する代わりにAzureで実行するASP.Net Webサービスが必要なことです。私の知る限りでは（確かに言うことはできませんが、私はので、それらを使ったことがない）私はあなたが管理ライブラリを使ってできることのPowerShellで何ができるかのほとんどを信じる
、アズールは、複数のライブラリを提供しますC＃からAzureにコマンド（Azure管理側に要求を送る）を送ることができます。
azure ADを管理したい場合は、azure ad graph apiを使用することをお勧めします。
Azure Active Directory Graph APIは、Azure ADからREST APIエンドポイントへのプログラムによるアクセスを提供します。アプリケーションは、Graph APIを使用して、ディレクトリデータおよびオブジェクトに対する作成、読み取り、更新、および削除（CRUD）操作を実行できます。
graph apiについて詳しくは、articleを参照してください。
グラフのAPI操作の詳細については、articleを参照してください。
また、azureはクライアントライブラリにグラフAPIを使用するため、Nugetからインストールできます。
注意：すべてのpowershellコマンドがADグラフAPIでサポートされているわけではありません。
azureリソースを管理する場合は、azure Management Librariesまたはazure management fluent libraryを使用することをお勧めします。
これらの2つのライブラリは両方ともあなたの紺碧のリソースを管理できます。