EMBOSS用のbiopythonラッパーを使用して、約100個の非常に長い（> 8000シーケンス）シーケンスのセットをローカルに整列しようとしています。Biopython/EMBOSS WindowsError [エラー2]
基本的には、自分のfastaファイル内の各シーケンスを、そのfastaファイル内の他のすべてのシーケンスとローカルに整列させる必要があります。これまで私は、以下の非常に基本的なコードを実行しようとしています
from Bio.Emboss.Applications import NeedleCommandline
from Bio import AlignIO
seq_fname1 = 'gross-alignment.fasta'
seq_fname2 = 'gross-alignment.fasta'
needle_fname = 'pairwise_output.txt'
needle_cli = NeedleCommandline(asequence=seq_fname1, \
bsequence=seq_fname2, \
gapopen=10, \
gapextend=0.5, \
outfile=needle_fname)
"""This generates the needle file"""
needle_cli()
"""That parses the needle file, aln[0] and aln[1] contain the aligned
first and second sequence in the usual format (e.g. - for a gap)"""
aln = AlignIO.read(needle_file, "emboss")
print aln
をしかし、私はそうするとき、私は次のエラーを取得する：
C:\WINDOWS\system32\cmd.exe /c (python ^<C:\Users\User\AppData\Local\Temp\VIiAAD1.tmp) Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 14, in <module> File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 495, in __call__ shell=use_shell) File "C:\Python27\Lib\subprocess.py", line 711, in __init__ errread, errwrite) File "C:\Python27\Lib\subprocess.py", line 959, in _execute_child startupinfo) WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified shell returned 1 Hit any key to close this window...
私は理解できないものを、この原因エラーは、どんな助けも非常に高く評価されます。
あなたは針_fname =「C：\\ pairwise_output.txt」を置くことができるとしてみてください？ –
@be_good_do_goodあなたの提案通りに疲れましたが、まったく同じエラーが発生します。私は、絶対パスを使用して、あなたが持っていたものを正確にコピーするのに疲れました。両方の同じエラー。 – Dider
needle_cli（） - >生成している正確なファイル名は何ですか？ –