NiftyNet：インデックスが範囲外です。エラー

Question

医療画像のセグメンテーションにNiftyNetを使い始めました。ソフトウェアを使うために、Brats Challengeデータセット（http://www.braintumorsegmentation.org/）の画像を分割するデモを実行しようとしていました。

ブラットをダウンロードしました。データはrename_crop_bratsで、$ PYTHONPATHを設定しました。私は、コマンドを実行したときただし、：

python net_run.py train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet

私は、次のエラーメッセージが出ます：

tensorflow.python.framework.errors_impl.InvalidArgumentError: Provided indices are out-of-bounds w.r.t. dense side with broadcasted shape

私は私がここで台無しにした内容はかなりよく分からないが、何かアドバイスは歓迎します。

Answer 1

このエラーは、トレーニング画像にネットワークが出力できるラベルよりも離散したラベルが多いことを意味します。ここでは2つ以上のラベルがあるようですが、このネットワークはバイナリ分類を行うように設定されています。

.iniファイルの 'histogram_ref_file'がどのファイルを指しているか確認できますか？腫瘍マスクをバイナリ化する[niftynet]/demos/BRATS17ディレクトリに用意されているディレクトリを指すはずです。このファイルには、次のテキストを持っている必要があります。

あなたは、ネットワークが自動的に生成されています。このファイルへのパスを与えられていない場合は0に1に、すべての腫瘍のラベル、およびすべてのバックグラウンド・ラベルを割り当て

labellabelfrom 0 1 2 4 
labellabelto 0 1 1 1 

、トレーニング画像に4つの離散クラスを与えます。

これで問題は解決しますか？