ギャップオープニングペナルティ

Question

を調整して、私は私の配列を整列するbiopythonパッケージからMAFFTを使用しています：私は（デフォルトは-6されます）と私は（いくつかのものをテストしたいギャップオープニングペナルティーを調整したいしかし

output=open("aligned.fasta","w") 
from Bio.Align.Applications import MafftCommandline 
mafft_cline=MafftCommandline(input="test.fasta") 
print(mafft_cline) 
stdout, stderr = mafft_cline() 
output.write(stdout) 

ここ-1）。ヘルプページは--LOPとしてそれを参照しますが、私はそれを変更するいくつかの方法を試しましたが、できませんでした。

私が試した：

mafft_cline=MafftCommandline(input="test.fasta") --LOP -1 

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
NameError: name 'LOP' is not defined 

OR

mafft_cline.LOP=-1 

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 410, in __setattr__ 
    self.set_parameter(name, value) # treat as a parameter 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 358, in set_parameter 
    self._check_value(value, name, parameter.checker_function) 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 380, in _check_value 
    % (value, name)) 
ValueError: Invalid parameter value -1 for parameter LOP 

感謝を！

Answer 1

オブジェクトプロパティを使用してパラメータを設定する必要があります。

mafft_cline.lop = -1.0 

すなわち-1.0なく-1、パラメータ値がfloatにする必要があることに注意してください。