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変数の独立した寄与を推定するためにhier.part Rパッケージ(およびhier.part()関数)を使用しようとしました。突然予測変数の順序に強い依存関係がありました。Rのhier.part()は予測変数に依存する
9つ以上の予測変数について同様の挙動を報告している論文(http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0011698)があります。パッケージのドキュメントでは、9-12個の予測変数について「マイナー丸め誤差」も報告されています。しかし、私は4つの独立した変数でパッケージの例でさえ経験しました。
> library(hier.part)
> data(amphipod)
> env1 <- amphipod[,2:5]
> hier.part(amphipod$australis, env1, fam = "binomial",
+ gof = "logLik", barplot=F)$I.perc
I
fimp 19.74685
fconn 18.24679
densep 25.24765
unseal 36.75871
> hier.part(amphipod$australis, env1[,c(4,3,2,1)], fam = "binomial",
+ gof = "logLik", barplot=F)$I.perc
I
unseal 16.16072
densep 17.98755
fconn 32.00246
fimp 33.84927
さらに、正確な値は呼び出し間では安定しません。この関数はCコード(partition()呼び出し時)を使用し、関連するすべてのRコードが確定的であるため、少なくとも "呼び出し間の安定性"問題はそれに起因する可能性があります。
ある私のR.に示されていません[tag:c]タグ。 –
私はcタグについていくつかの説明を追加しました。 – dmitrienka