gctx file in R

Question

遺伝子発現解析のためにLINCSソースから抽出したgctxファイルを読み込もうとしています。ファイルを読み込むためのコードは、下のリンクで提供されています。 https://github.com/cmap/l1ktools。 私は提供されたスクリプトを使用しており、私はスクリプトを供給しています。

ds <- parse.gctx("../L1000 Data/zspc_n40172x22268.gctx") 

reading ../L1000 Data/zspc_n40172x22268.gctx 
Error in h5checktypeOrOpenLoc(file, readonly = TRUE) : 
    Error in h5checktypeOrOpenLoc(). Cannot open file. File 'C:\L1000 Data\zspc_n40172x22268.gctx' does not exist. 

どのように私はこの問題を解決し、私のgctxファイルを読むことができます：私は機能parse.gctxをしようとしたとき、しかし、それは私に次のエラーを与えますか？

Answer 1

「ファイルが存在しません」というエラーが発生しているため、読み込みしようとしているファイルのパス（特に「L1000データ」）にスペースがあるためです。パス内のスペースを削除すると、適切に解析する必要があります。言い換えれば

、その代わりのように、あなたの「L1000データ」フォルダの名前を変更してみてください：あなたはの線に沿って何か持って

ds <- parse.gctx("../L1000 Data/zspc_n40172x22268.gctx") 

：

ds <- parse.gctx("../L1000_Data/zspc_n40172x22268.gctx")