networkxで多値グラフを描く？

Question

私はノードが異なるオブジェクトを表すいくつかのグラフを視覚化しようとしています。私はここで1のように見える画像を作成したい：

基本的に、私は3Dプロットし、異なるレベルで同じレベルまたはノード上のノード間のエッジを描画する機能が必要です。

Answer 1

この回答は完全な解決策ではありませんが、networkxを使用して3Dグラフをレンダリングするためのデモです。 networkxは3Dグラフをレンダリングできません。そのためにはmayaviをインストールする必要があります。

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 
from mayavi import mlab 

import random 

def draw_graph3d(graph, graph_colormap='winter', bgcolor = (1, 1, 1), 
       node_size=0.03, 
       edge_color=(0.8, 0.8, 0.8), edge_size=0.002, 
       text_size=0.008, text_color=(0, 0, 0)): 

    H=nx.Graph() 

    # add edges 
    for node, edges in graph.items(): 
     for edge, val in edges.items(): 
      if val == 1: 
       H.add_edge(node, edge) 

    G=nx.convert_node_labels_to_integers(H) 

    graph_pos=nx.spring_layout(G, dim=3) 

    # numpy array of x,y,z positions in sorted node order 
    xyz=np.array([graph_pos[v] for v in sorted(G)]) 

    # scalar colors 
    scalars=np.array(G.nodes())+5 
    mlab.figure(1, bgcolor=bgcolor) 
    mlab.clf() 

    #---------------------------------------------------------------------------- 
    # the x,y, and z co-ordinates are here 
    # manipulate them to obtain the desired projection perspective 
    pts = mlab.points3d(xyz[:,0], xyz[:,1], xyz[:,2], 
         scalars, 
         scale_factor=node_size, 
         scale_mode='none', 
         colormap=graph_colormap, 
         resolution=20) 
    #---------------------------------------------------------------------------- 

    for i, (x, y, z) in enumerate(xyz): 
     label = mlab.text(x, y, str(i), z=z, 
          width=text_size, name=str(i), color=text_color) 
     label.property.shadow = True 

    pts.mlab_source.dataset.lines = np.array(G.edges()) 
    tube = mlab.pipeline.tube(pts, tube_radius=edge_size) 
    mlab.pipeline.surface(tube, color=edge_color) 

    mlab.show() # interactive window 

# create tangled hypercube 
def make_graph(nodes): 

    def make_link(graph, i1, i2): 
     graph[i1][i2] = 1 
     graph[i2][i1] = 1 

    n = len(nodes) 

    if n == 1: return {nodes[0]:{}} 

    nodes1 = nodes[0:n/2] 
    nodes2 = nodes[n/2:] 
    G1 = make_graph(nodes1) 
    G2 = make_graph(nodes2) 

    # merge G1 and G2 into a single graph 
    G = dict(G1.items() + G2.items()) 

    # link G1 and G2 
    random.shuffle(nodes1) 
    random.shuffle(nodes2) 
    for i in range(len(nodes1)): 
     make_link(G, nodes1[i], nodes2[i]) 

    return G 

# graph example 
nodes = range(10) 
graph = make_graph(nodes) 
draw_graph3d(graph) 

このコードは、例hereの1つから変更されました。 この場合、目的地に到達する際にコードを投稿してください。