2016-04-13 5 views
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以下の2つのマトリックスのメチル化カウントデータを有する。サンプル間で2つの行列間の相関を計算するにはどうすればよいですか?

cov <- matrix(sample(0:7, 100,replace=TRUE), nrow=10, ncol=10) 
colnames(cov) <- c("group1_1", "group1_2", "group1_3", "group1_4", "group1_5", "group2_1", "group2_2", "group2_3", "group2_4", "group2_5") 
meth <- matrix(sample(7:10, 100,replace=TRUE), nrow=10, ncol=10) 
colnames(meth) <- c("group1_1", "group1_2", "group1_3", "group1_4", "group1_5", "group2_1", "group2_2", "group2_3", "group2_4", "group2_5") 

各マトリックスの最初の5つのサンプルはグループ1に属し、2番目の5つのサンプルはグループ2に属します。

私は、異常値を特定する目的で、サンプル全体でマトリックス全体の相関を調べるように求められました。このテストを実行するにはどうしたらよいですか?

答えて

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> cor(cov,meth) 
      group1_1 group1_2  group1_3 group1_4 group1_5 group2_1 group2_2 group2_3 group2_4 group2_5 
group1_1 0.21638563 0.26179603 -0.172564260 0.14098148 -0.11261065 -0.86945839 -0.16405826 -0.32978834 0.26342717 -0.38467159 
group1_2 -0.26060328 0.03941164 -0.071940171 -0.21223818 -0.34874292 -0.03197341 -0.10639084 -0.28093179 -0.05287626 0.20590128 
group1_3 0.33691014 0.32423812 -0.151250339 -0.06984303 0.06375767 -0.38141390 0.07502345 -0.46224312 -0.08700222 -0.50818268 
group1_4 -0.23652496 0.16692770 0.067711562 0.40451992 -0.49236596 0.23699047 -0.33796318 -0.32824398 -0.07465233 0.05450583 
group1_5 -0.73285503 -0.50264369 0.527453045 0.40013848 -0.18263739 0.35015790 -0.65736821 0.12892051 -0.55708601 0.08563044 
group2_1 -0.08770580 0.33425161 0.150648715 0.12000000 -0.18257419 -0.33895961 -0.07161149 -0.04564355 0.41522740 0.09701425 
group2_2 -0.34352146 -0.22627786 -0.163903595 0.24370872 0.19863804 -0.06556144 0.40514370 -0.07945522 -0.72281812 0.04222003 
group2_3 -0.08047913 -0.24612562 0.003839882 0.30586777 0.06515082 -0.26495187 -0.23363889 -0.71665901 0.14393864 -0.51928682 
group2_4 -0.57395577 -0.58228781 0.344024289 0.35447222 0.54760943 0.13863665 0.20502690 -0.23646771 -0.57742427 -0.23146346 
group2_5 0.00000000 0.14099041 -0.020425184 -0.28200960 0.39605902 -0.14297629 0.73789886 0.44556639 -0.40533961 0.28937350 
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