インストールしようとしているソフトウェアは、バイナリ(bowtie2とsamtools)がプリインストールされているために問題になります。私は人々がソフトウェア/ binのバイナリを削除して、それらをシンボリックリンクで置き換えて、bowtie2とsamtoolsを既にクラスタにインストールしていることに気付きました。これは私がやろうとしていることです。symlinkエラー:ファイルが実行可能ではありません
私は次のようでした:
ソフトウェア(MIDAS)がダウンロードされたら:
rm ./MIDAS/bin/Linux/samtools
rm ./MIDAS/bin/Linux/bowtie2
ln -s /exports/applications/.../apps/samtools/1.6 ./MIDAS/bin/Linux/samtools
ln -s /exports/applications/.../apps/bowtie/2.2.6 ./MIDAS/bin/Linux/bowtie2
python MIDAS/setup.py install
その後、私はMIDASをインストールするには終了しますが、test.pyスクリプトを実行しているときに、私は次のエラーを取得します:
Error: File not executable: ./MIDAS/bin/Linux/samtools
私は私のPATHにシンボリックリンクで指摘されたフォルダを追加しようとしましたが、これは動作しませんでした、私は同じエラーメッセージが表示されます。
これらのシンボリックリンクを動作させる適切な方法は何ですか?これはあなたのシンボリックリンクの問題ではありません、それはあなたがそうのようにこれを行うことができますset as executable
されていない、ファイル自体の問題のように見えます
私はこれを試してみましたしかし、私は 'Operation not permitted'エラーを受け取ります。 samtoolsは研究所全体の共通ディレクトリですので、私はそれに対するパーミッションを変更することはできません。 – CAsimonet
おそらく、システム管理者に連絡して、ファイルを実行するためのアクセスを許可するよう要求する必要があります。実際にはそのシステム上で実行できることを前提としており、ローカル仮想機械のようなものです。 – zack6849