私はマイケルHARTLによってrailstutorialを通過初心者プログラマだし、アプリケーションに宝石を使用するためのプロセスはgemfileに追加して、やっていることに気づく：レール3アプリの "gem install"ではなく、 "bundle install"という宝石はなぜですか？
$ bundle install
任意の理由1つだけをしないだろう：
$ [sudo] gem install [the_gem]
それからGemファイルに追加しますか？私はこれがレールに戻っていく過程であることを知っています。
ありがとう！
Gemfileを使用すると、あなたのアプリで作業している他の開発者がすべての宝石のバージョンが同じであることを確認できます。また、Gemfileにあるものとは別の[the_gem]をあなたのgemコマンドに入れなかったことを保証します。
gemコマンドの代わりにbundlerを使用すると、宝石を直接インストールすることができます。
gemコマンドを使ってGemfileにインストールして後で追加することをお勧めするこの特定のケースでは、gemをインストールするときにbundlerがすべての依存関係を解決します。
あなたの例を与えること、のは次の依存関係をみましょう：
sunspot_rails
nokogiri (>= 1.2.0)
webrat
nokogiri (>= 1.3)
両方webratとsunspot_rails宝石は、依存関係として鋸山の異なるバージョンを必要とします。 gemコマンドを使ってインストールするだけで、nokogiriの両方のバージョンがインストールされたり、バージョンの競合が悪化する可能性があります。 Bundlerはこの依存関係の矛盾を解決し、適切なバージョン（nokogiri 1.3と言う）をインストールし、sunspot_railsとwebratの両方を幸せにするのに十分なほど賢明です！
長い説明は申し訳ありません。しかし、あなたはポイントを得ることを願っています！ :)
あなたはこのファイルGemfile.lockを見て、どのバンドラーがあなたのために舞台裏をしているかを見てください。
いくつかの宝石の組み合わせは特定の環境でのみ意味があります。開発中の特定のデータベースと、プロダクション内の別のデータベースです。
Gemfileは、アプリケーションが各環境で必要とするもののレコードであり、bundle installは必要なものを正確にインストールし、依存関係を処理します。
あなたのGemfile内の宝石のいずれかが既にあなたの現在のgemsetに（gem install経由で）インストールされている場合、バンドラはそれらを再インストールするのではなく単に使用します。