これらの変数をperlで正しく指定するにはどうすればよいですか？

Question

私は2000の軌道ファイルを与えた分子動力学シミュレーションを実行しました。これらのファイルは、ファイル名の形式がau25-c2-benzalacetone.001（2000年まで）です。私は一般的なperlプログラムを作成しましたが、2000個のファイルを読み込むわけではありません。すべてのファイルを読み込み、各ファイルごとに個別に必要な座標を抽出するようにコードを変更するにはどうすればよいですか？私は2000のcoordinates_of_interest.datファイルが必要です。ティンカーファイルはau25-c2-benzalacetoneファイルです。ここで私が書いたコードは次のとおりです。ファイル形式はau25-c2-benzalacetone.001ある場合

#!/usr/bin/env perl 
use Math::VectorReal; 
use Math::Trig qw/acos/; 
use strict; 
use warnings; 


    my $file1 = $ARGV[0]; 
    my $n1 = $ARGV[1]; 
    my $n2 = $ARGV[2]; 
    my $tinker_file = sprintf "%s.%03d" 

    my($file1, $n1, $n2) = @ARGV; 

    foreach $tinker_file (glob "$tinker_file.*") { 
    print "Filename: $tinker_file\n"; 
    } 

    my $file2 = "coordinates_of_interest.dat"; 
    my %lines_of_interest = map { $_ => 1 } 18, 25, 26; 


{ 
open(FILE2, '>', $file2) or die "couldn't open the file!"; 

for(my $i=$n1;$i<=$n2;$i++){ 
{ 
open(FILE1, '<', $tinker_file) or die "couldn't open the file!"; 
{ 

my $num_lines = keys %lines_of_interest; 

while (<FILE1>) { 
    if ($lines_of_interest{$.}) { 
     print FILE2; 
     last unless --$num_lines; 
       } 
      } 
     } 
     } 
    } 
}                                  

〜
〜
〜

Answer 1

globは、ワイルドカードでそれを使用してディレクトリを検索ここでもあなたの友達です：

my ($filespec, $n1, $n2) = @ARGV; 

foreach my $file (glob "$filespec.*") { 
    print "Filename: $file\n"; 
} 

それとも、パターン展開するglobを使用することができます。

my $expr = join ",", 0..9; 

foreach my $entry (glob ("test.{$expr}{$expr}{$expr}")) { 
    print $entry,"\n"; 
} 

をしかし、私はおそらく固執するだろう最初のものと一緒に、ファイルが実際に存在することを確認します。

Answer 2

、あなたの最初の問題は$iは3桁の数字ではないかもしれないということであるように思われます。あなたはおそらく私が気づい

my $tinker_file = sprintf "%s.%03d", $file1, $i;のような他の問題は、あなたが書き込みのために、「coordinates_of_interest.dat」オープニング保つということです追加していないので、最後のファイルだけがその三行を持つことになります何かをしたいです。すべての入力に対して1つのファイルに書き込む場合は、 forループの の外側にある（前）を開き、ループが完了した後に閉じてください。

Answer 3

これらのファイルは2000年さておき、この行が不完全であるという事実から

my $tinker_file = sprintf "%s.%03d" 

にファイル名の形式au25-C2-benzalacetone.001を持って、あなたは1から番号が収まりません3桁のフィールドでは2000になります。これはおそらく、あなたのスクリプトがすべてのファイルを読み込んでいないことが原因です。