plot_ly並べ替える行列を無効にする

Question

私は最近RとRstudioを更新しました。当然、私が書いたスクリプトの負荷は壊れています。

特に私の問題の原因の1つは、以下のスクリプトです。これまではヒートマップを正確にとして出力していましたが、マトリックスを作るために与えた値のcsvに現れました。後のバージョンでは、物事を注文する方法が変更されたようです。列とそのラベルを昇順に並べ替えることで、順序がずれています。列の並び替えを防止する方法、または列を並べ替える方法を指定する方法はありますか？

マイナーな審美的な問題はあまり問題にはなりません。

ここでは、コードは次のとおり

library(ggplot2) 
library(plotly) 
library(RColorBrewer) 
# Read in data 
library(readr) 


adjwallace <- read.csv() # see the link for the actual data http://pastebin.com/bBLs8uLt 


rownames(adjwallace_recluster)[17] <- "Species" #Rename STree 
names(adjwallace_recluster)[17] <- "Species" 


# Preferences for xaxis 
font.pref <- list(
    size = 20, 
    family = "Arial, sans-serif", 
    color = "black" 
) 

x.axisSettings <- list(
    title = "", 
    zeroline = FALSE, 
    showline = FALSE, 
    showticklabels = TRUE, 
    tickfont = font.pref, 
    showgrid = TRUE 
) 

# Preferences for yaxis 
y.axisSettings <- list(
    title = "", 
    zeroline = FALSE, 
    showline = FALSE, 
    showticklabels = TRUE, 
    tickfont = font.pref, 
    showgrid = TRUE 
) 

margins <- list(
    l = 50, 
    r = 10, 
    b = 50, 
    t = 10, 
    pad = 1 
) 

# Plot graph as a heatmap 
p <-plot_ly(z = ~data.matrix(adjwallace), 
     colors = "YlOrRd", 
     name = "Adjusted Wallace Coefficients", 
     x = names(adjwallace), 
     y = names(adjwallace), 
     colorbar = list(title = "Adjusted Wallace <br> Coefficient", titlefont = font.pref), 
     type = "heatmap") %>% 
     layout(xaxis=x.axisSettings, 
     yaxis=y.axisSettings, 
     plot_bgcolor='rgba(0,0,0,0)', 
     paper_bgcolor='rgba(0,0,0,0)', 
     margin = margins 
     ) 
p 

とイメージこのコードが（xおよびy軸の順序に注意してください）を生成するを使用：

、スクリプトが今生成：

が

Answer 1

新しいヒートマップと古いヒートマップの値は実際に同じです。あなたのラベルは単に並べ替えられています。これは、現在のバージョンのplotly（私は他人に "バグ"と呼ぶかどうかを決定させる）の奇妙な動作です。軸ラベルはアルファベット順に並べ替えられます。ここでは明確にそれを示してMWEです：

dat <- matrix(c(1,2,3), nrow = 30, ncol = 30) 
dimnames(dat) <- list(rownames(dat, FALSE, "r"), 
         colnames(dat, FALSE, "c")) 
plot_ly(z=dat, x=colnames(dat), y = rownames(dat), 
     type = "heat map") 

があるためplotlyの現在のバージョンでは、この動作のため、私の代わりにggplot2を使用してお勧めします。次のように実際には、少数のラインであなたの元のプロットに到着することができます

adjwallaceX <- melt(t(as.matrix(adjwallace))) 
ggplot(data = adjwallaceX, aes(x = Var1, y = Var2)) + 
    geom_tile(aes(fill = value)) + 
    coord_equal() + 
    scale_fill_gradientn(colours = rev(brewer.pal(9,"YlOrRd"))) + 
    labs(fill='Adjusted Wallace Coefficient') + 
    theme(axis.title.x=element_blank(), 
     axis.title.y=element_blank(), 
     axis.text.x=element_text(angle = 315, hjust = 0)) 

link to new plot

Answer 2

は、私はちょうどこれに小さなアップデートを投稿しようと思いました。私はGitHubの開発者と「バグ」について話しました。彼らはそれが理想的な動作ではないことに同意しました。私はこれが新しいCRANバージョンがリリースされるまでinstall_github()メソッドでRにインストールできる、プロプライエのdevブランチで修正されたと思います。

全スレッドはここにある： https://github.com/ropensci/plotly/issues/863#issuecomment-285761986