pROCデフォルトのDeLongまたはブートストラップ

Question

デフォルトのROC曲線メソッドとしてDeLongメソッドを使用するのか、2000ブートストラップを使用するのかについてアドバイスをいただき、ありがとうございます。私はpROCのpdfガイドを見てきましたが、どちらがデフォルトの方法であるかわかりません。 pdfのさまざまな部分、特にAUC計算の信頼区間に関するセクションのDeLongまたは2000ブートストラップがデフォルトになっています。

私が使用していたコードは、次のものが含まれます。

#generate ROC and Confidence intervals for this bootstrap/dose bin 
roc2<-roc(SYNdata_b$Endpoint1,SYNdata_b[,i+2]) 
roc2_CI<-ci(roc2) 

#Generate Youden and Closest to Left 
rocY<-coords(roc2,"b",best.method="youden") 
roctl<-coords(roc2,"b",best.method="closest.topleft") 

はここにどんなアドバイスをありがとうございました。

Answer 1

AUCの信頼区間を計算しているため、ci.auc関数を使用しています。ドキュメントページ状態：

デフォルトのブートストラップが使用されている部分AUC と平滑化曲線の比較を除いて「デロング」メソッドを使用することです。

部分AUC仕様もスムージングオプションも指定していないため、DeLongメソッドが使用されます。

また、あなたはここで例えば、使用方法が表示されますコンソールに出力、でデロングを見ることができます：

> data(aSAH) 
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b) 
> ci(rocobj) 
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong) 

を疑わしい場合には、あなたの方法の問題ならば、それをメソッドを明示的に指定するのが最善です：

> data(aSAH) 
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b) 
> ci(rocobj, method = "delong") 
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong) 
> ci(rocobj, method = "bootstrap", boot.n = 10000) 
95% CI: 0.6296-0.8283 (10000 stratified bootstrap replicates)