コマンドラインからpythonバージョンを設定する

Question

Rscriptを使用してコマンドラインからRスクリプトを実行しようとしています。 RスクリプトはいくつかのPythonコードを呼び出し、インタラクティブに実行するとうまく動作します。しかし、Rscriptから電話すると、gdalでエラーが発生します。私はエラーが対話型のRセッションで次のコマンドを実行し、例えば、2対のpython 3に関連していると信じて：

system("python --version)

利回り

のPython 2.7.9

シェルから「同じ」コマンドを実行している間：

$ python --version

の

利回り

のPython 3.5.1 ::連続解析を、株式会社

私は、Python 2.7.9に私の$ Rscript "foo.R"のコールを指すことができますどのように？

Answer 1

：

$ conda create --name python2 python=2
$ source activate python2

参照してください。
Rscript does not load methods package, R does -- why, and what are the consequences?
および
http://conda.pydata.org/docs/py2or3.html

Answer 2

$ python --versionまたは$ Rscript -e 'system("python --version")'をシェルコマンドラインから呼び出すと、Python仮想環境で動作している可能性があります。おそらくvirtualenvで作成されています。具体的には、実行中/home/foo/miniconda3/bin/python

system("python --version")をRStudioから実行すると、システムのデフォルトバージョンが取得されます。具体的には、/usr/bin/pythonを実行しています。

どのように私は、Python 2.7.9に私の$ Rscript "foo.R"のコールを指すことができますか？

これは、仮想Python環境にどのように入力したかによって異なります。それは1 virtualenvによって作成された場合は、単にそれを無効化：

$ deactivate 
$ Rscript -e 'system("python --version")' 
2.7.9 

EDITを：あなたはminicondaによって作成された仮想環境を使用しているように見えます。そのような場合は、PATH環境変数を編集して、システムのデフォルトPythonを使用することができます。あなたのPATHをどのように編集するかは、変更をどれぐらいの期間有効にしたいかによって決まります。唯一つのコマンドで失わにご変更の場合

• 、これを試してみてください。

  $ PATH="$(echo "$PATH" | sed -e s,:/usr/local/sbin,,)" Rscript -e 'system("python --version")' 
  

• をご変更の場合は、単一のシェルセッションの継続時間を最後に、これを試してみてください。

  $ PATH="$(echo "$PATH" | sed -e s,:/usr/local/sbin,,)" 
  $ python --version 
  $ Rscript -e 'system("python --version")' 
  

• PATHを永続的に変更するには、$ HOME/.bashrcファイルを適切に編集します。このためには新しいターミナルセッションを開始する必要があります。解決策は、私のRスクリプトでmethodsライブラリへの呼び出しを挿入し、コマンドを使用してのpython 2環境をロード/作成することでした