bashスクリプトでローテーションをコーディングする

Question

私はさまざまな構成の2つのベンゼン分子間のファンデルワールス相互作用を研究しようとしています。これを行うために、私は2つの分子のうちの1つを回転させるbashスクリプトを書いています（現在x軸の周りのみ）。2.コードはバグなく実行されるようですが、完全に間違った結果をもたらします。私は何度もチェックして、何か「数学的な」エラーが見つからなかったので、おそらくどこかで構文エラーを起こしたでしょうか？ 私はbash（とlinux）の初心者ですので、どんな助けもありがとう！:) ...あなたは私が間違って何をしたか知っていれば

C 0.00000000000000000E+00 1.39600002765655495E+00 12.25 
C 1.20899999141693093E+00 6.98000013828277699E-01 12.25 
C 1.20899999141693093E+00 -6.98000013828277699E-01 12.25 
C 0.00000000000000000E+00 -1.39600002765655495E+00 12.25 
C -1.20899999141693093E+00 -6.98000013828277699E-01 12.25 
C -1.20899999141693093E+00 6.98000013828277699E-01 12.25 
H 0.00000000000000000E+00 2.47900009155273393E+00 12.25 
H 2.14700007438659712E+00 1.24000000953674294E+00 12.25 
H 2.14700007438659712E+00 -1.24000000953674294E+00 12.25 
H 0.00000000000000000E+00 -2.47900009155273393E+00 12.25 
H -2.14700007438659712E+00 -1.24000000953674294E+00 12.25 
H -2.14700007438659712E+00 1.24000000953674294E+00 12.25 

事前のおかげ：

#!/bin/bash 

echo "Angle of rotation (in rad:" 
read angle 
echo "File or path to file :" 
read fichier 
echo "Your file:" 
cat $fichier 
echo "Give the line numbers which contain the atoms you want to rotate :" 
read ligneDebut 
read ligneFin 

# creation of an associative array playing the role of the rotation matrix 
declare -A Rx 
Rx=([1,1]=1 [1,2]=0 [1,3]=0 [2,1]=0 [2,2]=`echo "c($angle)" | bc -l` [2,3]=`echo "-s($angle)" | bc -l` [3,1]=0 [3,2]=`echo "s($angle)" | bc -l` [3,3]=`echo "c($angle)" | bc -l`) 

#storage of the atomic positions in an array 
declare -A posAtomes 
for((i=$ligneDebut; i<=$ligneFin; i++)) do 
    for((j=1; j<4; j++)) do 
     posAtomes[$i,$j]=`awk -v ligne=$i -v colonne=$j '{if(NR==ligne) print $(colonne+1)}' $fichier` 
    done 
done 

#computation of the new positions after rotation 
declare -A newPos 
for((i=$ligneDebut; i<=$ligneFin; i++)) do 
    for((j=1; j<4; j++)) do 
     newPos[$i,$j]=`echo "${posAtomes[$i,1]} * ${Rx[$j,1]} + ${posAtomes[$i,2]} * ${Rx[$j,2]} + ${posAtomes[$i,3]} * ${Rx[$j,3]}" | bc -l` 
    done 
done 

#writing the new positions in the original file 
for ((i=$ligneDebut; i<=$ligneFin; i++)) do 
    for ((j=1;j<4;j++)) do 
     awk -v ligne=$i -v colonne=$j -v val=${newPos[$i,$j]} '{if(NR==ligne) {$(colonne+1)=val; print $0} else print $0}' $fichier > tmp && mv tmp $fichier 
    done 
done 

位置ファイルこの（ここでの唯一の1分子である）のようになります。ここでは は、コードがあります！

Answer 1

正確な計算には慣れていませんが、いくつかの基本的なトラブルシューティング手順を提供できます。

0）さらに詳しいヘルプを表示するには、入力された入力例（回転角と行番号）、期待する結果、および見ている結果を投稿してみてください。また、実装しようとしている数式を追加すると便利です。

1）多くの単純なecho文を追加して、さまざまなステップで進捗状況を表示してみてください。たとえば、

echo "Angle of rotation (in rad:" 
read angle 
echo "OK, operating with angle: "${angle} 

echo "File or path to file :" 
read fichier 
echo "OK, input file is: "${fichier} 

これらの2つの手順は、プログラムで正しいと思われます。しかし、このアプローチではさらにデバッグの手順が示唆されています。これらのデバッグエコーステートメントをコード全体に追加して中間値を出力し、意図したとおりに動作していることを確認します。

ハッピーハッキング。また、bashでこれを実装する特別な理由はありますか？おそらく、別の言語、例えば組み込みのベクトル数学ライブラリ（Python、R、Matlab ...）を持つ言語などが適しています。

Answer 2

返信いただきありがとうございます！私は "私はどこにでもエコーを置く"と思っていましたが、私はそれを正しくしませんでした。私は間違いを見つけました：bcは10^01ですべてのE + 01を返すためにsedまたはawkを使用しなければならないので、bcは科学的表記法を扱うことができません。こんにちは私はこれで多くの時間を失った！次回はPythonを使用しますhaha