hg19.2bitをphpで解析できますか？

これはおそらくPHPのためのあいまいな使用であることは知っていますが、私は人間のゲノムをやや面白い方法で操作するアイデアに取り組んでいます。hg19.2bitをphpで解析できますか？

問題は、自由に利用できるデータを解析するためのPHPスクリプトを書くことができるかどうかを知る必要があります。存在するこれを行うためのPHPスクリプトはありますか？

出典

2012-01-24 T9b

： http://jc.unternet.net/genome/2bitformat.html

とPerlの例？確かに。ほぼすべてのTuring-complete言語にはパーサーが記述できます。 –

PHPアプリケーションで調べたいデータのサブセットを持つデータベース設計（MySQL）を作成することをお勧めします。

次に、そのデータスキーマにデータをアップロードする方法を見つけます。アップロードする部分については、あなたが選んだPHPよりも強力な言語を使うことができますが、それはC＃、F＃、Haskellなどとなります。

このセパレーションは、PHPですべてを行うよりも単純化するのに役立ちます。

出典

2012-01-24 23:01:32

これはphpアプリケーションではありません。もちろん、mySQLのようなデータベースにデータを格納することも考えられます。問題は、PHPを使用してHG19.2bitファイルを解析する方法についてです。 – T9b

あなたはそのためのパーサを書く必要があるでしょうが、それはかなりシンプルでなければなりません：「できます」http://www.perlmonks.org/?node_id=672251

出典

2012-01-25 00:49:32

私はそこに着いていますが、かなりありません。おそらく 'unpack（）'をPHPで使うことができますが、ファイルサイズは800MB近くです。 – T9b

PHPリーダープロジェクトからZend IO Readerを調べることができます。私は自分で演奏していないが、それはトリックをするように聞こえる：http://code.google.com/p/php-reader/source/browse/trunk/src/Zend/Io/Reader.php http://code.google.com/p/php-reader/ –

hg19.2bitをphpで解析できますか？

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