R埋め込みコードperl、ggsaveでPDFファイルを保存できません

Question

私はRコードをperlに埋め込みました。ディレクトリを読み込んでファイルを配列に入れ、各ファイルの配列をループしてrscriptは基本的にいくつかの統計情報を計算し、write.tableを介してそれらを出力し、ggplotを使っていくつかのプロットを作成し、ggsaveで保存します。すべてうまく動作します。少なくともperl部分とrスクリプトの最初の部分です。それは統計を計算し、それらを正しいディレクトリに書き込むのですが、プロットになると何とかggsaveが機能せず、どこにもpdfファイルがありません。 理由は何ですか？ Perlに組み込む前に、私はrスタジオでrスクリプトを実行していて、ggsaveは正常に動作していました。 任意の助けが理解されるであろう、私は以下のコードを添付：

my $mapfile = shift; 
my $OTUdir = shift; 
opendir my $OpOTUdir, $OTUdir; 
my @OTUtab = grep {/\.txt/} readdir $OpOTUdir; 
my $OTUtab; 

foreach $OTUtab (@OTUtab){ 
my @splitname = split (/\_/, $OTUtab); 
my $primer = $splitname[0]; 
my $dirout = "Subplot_dir_OTU".$primer.".out"; 
my $dir = "./".$primer."_plots/"; 
my $SubPlotdir = "bsub -o $dirout mkdir $dir"; 
my $run1 = system ('bash','-c',"$bsub && $SubPlotdir ") == 0 
or die "Can't create the directories per primer set"; 
sleep 1 until -e "$dirout"; 

my $Rcmd_pure_OTU = "  #here starts the r script 
library (\'vegan\') 
raw_data <- read.csv(\"".$OTUdir."$OTUtab\", row.names =1, sep =\"\t\", dec=\".\", header =T, skip =1) 
pre_OTU_tab <- raw_data[,-which(names(raw_data) == \"taxonomy\")] 
OTU_tab <- t(pre_OTU_tab) 
log_OTU <- log10(OTU_tab + 1) 

map <- read.csv(\"$mapfile\", sep =\"\", row.names =1, header = T) 
ordered_Map <- map[match(row.names(OTU_tab), row.names(map)),] 
re_ordered_Map <- ordered_Map[complete.cases(ordered_Map),] 
dist_bray <- vegdist(log_OTU, method= \"bray\", binary=FALSE) 
dist_bray_binary <- vegdist(log_OTU, method=\"bray\", binary=TRUE) 
cap_bray <- capscale(dist_bray ~ 1) 
cap_bray_bin <- capscale(dist_bray_binary ~ 1) 
cap_bray_year <- capscale(dist_bray ~ as.factor(re_ordered_Map\$Origin)) 
cap_bray_bin_year <- capscale(dist_bray_binary ~  as.factor(re_ordered_Map\$Origin)) 
CA1perc_log <- (cap_bray\$CA\$eig[1]/sum(cap_bray\$CA\$eig))*100 
CA1perc_log <- round(CA1perc_log, digits = 1) 
CA2perc_log <- (cap_bray\$CA\$eig[2]/sum(cap_bray\$CA\$eig))*100 
CA2perc_log <- round(CA2perc_log, digits = 1) 
CA1perc_log_bin <- (cap_bray_bin\$CA\$eig[1]/sum(cap_bray_bin\$CA\$eig))*100 
CA1perc_log_bin <- round(CA1perc_log_bin, digits = 1) 
CA2perc_log_bin <- (cap_bray_bin\$CA\$eig[2]/sum(cap_bray_bin\$CA\$eig))*100 
CA2perc_log_bin <- round(CA2perc_log_bin, digits = 1) 
CAperc_log_year <- round((sum(cap_bray_year\$CCA\$eig)/sum(cap_bray_year\$CA\$eig, cap_bray_year\$CCA\$eig))*100, digits = 1) 
CAperc_log_bin_year <- round((sum(cap_bray_bin_year\$CCA\$eig)/sum(cap_bray_bin_year\$CA\$eig, cap_bray_bin_year\$CCA\$eig))*100, digits = 1) 
#print the stats 
#Year 
SigTest1 <- anova(cap_bray_year, by=\"term\", step=9999, perm.max=9999) 
CapResults1 <- c(CAperc_log_year, SigTest1\$'Pr(>F)'[1]) 
Results1 <- rbind(CapResults1) 
colnames(Results1) <- c(\"Percent_Correlated\", \"pval\") 
write.table(Results1,  file=\"".$dir."Year_pvalue_constraints_".$primer.".txt\", sep=\"\t\", quote=F, col.names=NA) 
#binary year 
SigTest2 <- anova(cap_bray_bin_year, by=\"term\", step=9999, perm.max=9999) 
CapResults2 <- c(CAperc_log_bin_year, SigTest2\$'Pr(>F)'[1]) 
Results2 <- rbind(CapResults2) 
colnames(Results2) <- c(\"Percent_Correlated\", \"pval\") 
write.table(Results2, file=\"".$dir."Binary_year_p_value_constraints_".$primer.".txt\", sep=\"\t\", quote=F, col.names=NA) 

data_for_plot <- cbind(cap_bray\$CA\$u,re_ordered_Map) 
data_for_plot_bin <- cbind(cap_bray_bin\$CA\$u,re_ordered_Map) 

data_for_plot_year <- cbind(cap_bray_year\$CA\$u,re_ordered_Map) 
data_for_plot_bin_year <- cbind(cap_bray_bin_year\$CA\$u,re_ordered_Map) 
cbbPalette <- c(\"#000000\", \"#E69F00\", \"#56B4E9\", \"#009E73\", \"#F0E442\", \"#0072B2\", \"#D55E00\", \"#CC79A7\") 
ColorCount <- length(unique(re_ordered_Map\$Origin)) 
GetPalette <- colorRampPalette(cbbPalette, bias =3, interpolate = \"spline\", alpha = TRUE) 
plot_unco <- ggplot(data_for_plot) + 
geom_point(size=4, aes(x=MDS1, y=MDS2, shape= inf_uni, color = Origin), position = position_jitter(w = 0.1, h = 0.1))+ 
geom_vline(xintercept = 0, size = 0.3) + 
geom_hline(yintercept = 0, size = 0.3) + 
scale_color_manual(values = GetPalette(ColorCount)) + 
theme (
panel.background = element_blank(), 
legend.key = element_rect (fill = \"white\"), 
legend.text = element_text (size = 15), 
legend.title = element_text (size = 17, face = \"bold\"), 
axis.text = element_text(size =17), 
axis.line = element_line(color= \"black\", size =0.6), 
axis.title = element_text(size =19, face = \"bold\")  
) 
ggsave(\"".$dir."My_".$primer."_Uncostrained.pdf\", plot = plot_unco, width=12, height=12, units = \"in\") 
plot_bin_unco <- ggplot(data_for_plot_bin) + 
geom_point(size=4, aes(x=MDS1, y=MDS2, shape= inf_uni, color = Origin), position = position_jitter(w = 0.1, h = 0.1))+ 
geom_vline(xintercept = 0, size = 0.3) + 
geom_hline(yintercept = 0, size = 0.3) + 
scale_color_manual(values = GetPalette(ColorCount)) + 
theme (
panel.background = element_blank(), 
legend.key = element_rect (fill = \"white\"), 
legend.text = element_text (size = 15), 
legend.title = element_text (size = 17, face = \"bold\"), 
axis.text = element_text(size =17), 
axis.line = element_line(color= \"black\", size =0.6), 
axis.title = element_text(size =19, face = \"bold\")  
) 
ggsave(\"".$dir."My_".$primer."_Uncostrained_bin.pdf\", plot =plot_bin_unco, width=12, height=12, units = \"in\") 

Answer 1

補間変数を文字列として格納されたプログラムをデバッグすることは非常に困難です。そのRコードを独自のRファイルcreate_plots.Rに移動し、直接変数を渡す方が良いでしょう。ここではその後、仕事と2つのアプローチです： - create_plots.R

# Find files: 
files <- list.files(pattern = "\\.txt$") 

# Create a directory: 
dir.create(file.path(mainDir, subDir)) 
setwd(file.path(mainDir, subDir)) 

# Other stuff ... 

2の内部Rに

をファイル/ディレクトリ操作のすべてを書き換え -

1起動Rscriptとあなたのperlスクリプトからパラメータを渡してください。

inside create_plot create_plots.pl

# Invoke from perl script: 
my $cmd = '/path/to/Rscript create_plots.R param1 param2 param3' 
(system($cmd) == 0) 
    or die "Unable to run '$cmd' : $!";