カウントを持つデータにtapplyを使用してゼロとNAsを追加する

Question

私はDBで構成されています：Species ID（因子として）、カウント、サイト、訪問、年。ここでサブセットを見つける[Google Drive]

種、敷地、訪問、年の4D配列を作成したいと思います。セル値としてカウントします。そのために私は次のコードを使用しています：

y<-tapply(counts,list(species,site,visit,year), sum) 

一部のサイトは、必ずしも年内には訪れていませんでした。したがって、実際には良いですが、細胞内のNAsを得る。私の問題は、あるサイトがある訪問と年に訪問されたが、その種は見られなかったことである。元のDBには数が表示されています（例外はほとんどありません）。したがって、コードはそれらのセルにNA値を与えますが、0値が必要です。

サイトにアクセスしたときにこれらの0値のセルを追加する方法についてのアドバイスはありますが、その種は表示されませんでした。

事前に感謝します。あなたのデータが与えられ

Answer 1

は、リンクが壊れたり経時的に変化することができるよう、問題のデータを含めてくださいdata.frame DF

library(reshape2) 

tmp <- dcast(df, site + visit + year ~ species, value.var = 'counts', fill = 0) 
df <- melt(tmp, id.vars = c('site', 'visit', 'year'), variable.name = 'species', value.name = 'counts') 
y <- tapply(df$counts, list(df$species, df$site, df$visit, df$year), sum)