grepで行末を掻きする方法は？

Question

私は、このような何か、すでに行に分割シーケンスを含むファイルを持っている：私は、例えばGCTGTAAATAGCTAGATTAのように、このファイル内の特定のパターンを検索したい

CGCCCATGGGTCGTATACGTAATGGGAAAACAAAGCATGGTGTAACTATGGTAAGTGCTA 
GACAATACAAGAAGGCTGATATTTGTAGAATAATTCATTTGAATTATTATGCTGTAAATA 
GCTAGATTATTATGCATAATTACTTTGAGAGGTGATCAATCAATTCGACCCTTGCCAATT 

を。 問題は、パターンが改行によって予測できない場所で切断される可能性があることです。

は、私が使用することができます。

grep -e "pattern" file 

が、それは「改行」文字を避けることができないとの結果を与えるものではありません。検索で\nを無視するようにコマンドを変更するにはどうすればよいですか？

編集： 私のクエリがファイルに存在するかどうかわかりませんが、そこに存在する場合はどこに存在するのか分かりません。私の心に入って来た

最善の解決策は、

tr -d '\n' < file | grep -e "CTACCCCAGACAAACTGGTCAGATACCAACCATCAGCGAAACTAACCAAACAAA" 

ですが、私はそれを行うには、より効率的な方法があるはずです知っています。

Answer 1

pattern="GCTGTAAATA"$'\n'"GCTAGATTA" # $'\n' is Bash's way of mentioning special chars 
grep -e "$pattern" file 

OR

pattern="GCTGTAAATA 
GCTAGATTA" # with an actual newline at the end of the first line 
grep -e "$pattern" file