Rでデータフレームを作成するにはどうすれば別のtxtファイルを別のファイルのサンプルIDに関連付ける必要がありますか？

Question

私はRで働いている2つのデータセットを持っています 最初に、私は異なる遺伝子の発現値を持つ複数のtxtファイルを持っています。各ファイルには、同じ列名と行名があります。第二に

gene_ID expression_value 
gene_1 expression_value_1 
...  ... 

、Iは、患者IDと各txtファイルの名前を関連付けるマスター・チャート（CSVファイル）を有します。

各遺伝子のすべての患者の遺伝子発現値を持つマスターファイルを作成しようとしています。

patient_ID  gene_1     gene_2 ... 
patient_1  expression_value_1  expression_value_2 
patient_2  expression_value_x  expression_value_y 

これまでのところ、私は正しい列と行名を持つ空のデータフレームを作成しているが、私は、マスター・チャート（csvファイル）から患者IDと各txtファイルの名前を関連付ける方法がわかりませんこの空のデータフレームの表現値を記入してください。私はいくつかのforループ関数を使用することができると仮定していますが、ファイルの名前に基づいて患者IDとファイル内のデータを関連付ける関数を書く方法を知らない。どんな助けでも大歓迎です。

Answer 1

確認YOUT .TXT-FILEAを作るには（私はcsvファイルを好む）

が、私はこのようなコードを使用してRで読める：

：これにつながる

df.files <- data.frame(filename = list.files(path = "./data", pattern="*.txt")) 
df.files["filepath"] <- paste0(getwd(), "/data/", df.files$filename) 

df1 <- data.frame(gene_ID = character(0), 
        expression_value = character(0)) 

for (f in df.files$filepath) { 
    df.temp <- read.csv2(f) 
    filename <- gsub(".*/","",f) 
    df.temp["filename"] <- strtrim(filename, nchar(filename) - 4) 
    df1 <- rbind(df1, df.temp) 
} 

df2 <- data.frame(filename = c("text_1", "text_2"), 
        patiend_ID = c("patient_1", "patient_2"), 
        stringsAsFactors = FALSE) 

require(tidyverse) 
df.total <- df1 %>% 
    left_join(df2, by = "filename") %>% 
    spread(gene_ID, expression_value) %>% 
    select(-filename)