フィジーでJythonを使用してJavaプラグインを実行中：例外java.lang.Doubleは[D

Question

にキャストできません。フィジーの画像を操作するためのjythonスクリプトを作成しています。具体的には、JFilamentプラグインのクラスのサブセット（TwoDContourDeformationとIntensityEnergy、https://github.com/odinsbane/jfilament/tree/master/src/main/java/snakeprogramを参照）を実装して、セルのアウトラインを追跡しようとしています。

私は正常にTwoDContourDeformationオブジェクトを構築することができるよ、私は私の物にaddSnakePointsメソッドを呼び出すしようとすると、しかし、私は一貫して、次の例外を受け取る： とjava.lang.ClassCastException：java.lang.ClassCastExceptionが：java.langでの.Doubleはキャストすることができません[D

この例外は一般に、Doubleオブジェクトを、それらの型を受け入れるように構成されていない配列またはクラスにロードしようとしていることを意味します。ただし、TwoDContourDeformationクラス内のaddSnakePointsメソッドで、Doubleオブジェクトの場所や場所、エラーが発生している場所は不明です。ここに私のコードです：

#IMPORTS 
import java.util 
from ij import IJ 
from snakeprogram import IntensityEnergy 
from snakeprogram import TwoDContourDeformation 

#CONSTANTS 
initial_parameters = java.util.Arrays.asList() 
initial_parameters.add(1.0) 
initial_parameters.add(2000.0) 
initial_parameters.add(40.0) 
initial_parameters.add(1.0) 
initial_parameters.add(10.0) 
initial_parameters.add(1000.0) 
initial_parameters.add(1.0) 

tracking_parameters = java.util.ArrayList() 
tracking_parameters.add(1.0) 
tracking_parameters.add(2000.0) 
tracking_parameters.add(40.0) 
tracking_parameters.add(1.0) 
tracking_parameters.add(10.0) 
tracking_parameters.add(5.0) 
tracking_parameters.add(3.0) 

def set_parameters(deform, initial_parameters): 

    deform.setAlpha(initial_parameters[0]) 
    deform.setBeta(initial_parameters[1]) 
    deform.setGamma(initial_parameters[2]) 
    deform.setWeight(initial_parameters[3]) 
    deform.setStretch(initial_parameters[4]) 

    return None 

def set_parameters_deform(edges, outline, num_slice, initial_parameters, tracking_parameters): 
''' 
Sets parameters for JFilament and deforms snake around cell edges 
Inputs: 
    edges: ImagePlus, binary image stack 
    outline: java.util.ArrayList, x coordinates for the initial snake 
    num_slice: int, initial frame of the image stack 
    initial_parameters: java.util.ArrayList, list of starting parameters 
    tracking_parameters: java.util.ArrayList, list of parameters for tracking through all frames of the image stack 

Returns: 
    outline: java.util.ArrayList, list of java.util.ArrayList. Length is equal to number of frames 
''' 

deform = TwoDContourDeformation(outline, IntensityEnergy(edges.getProcessor(), 1.0)) 
if num_slice == 1: 
    set_parameters(deform, initial_parameters) 
    for i in xrange(initial_parameters[5]): 
     try: 
      deform.addSnakePoints(initial_parameters[6]) 
       #the above line is where the Exception is thrown 
      deform.deformSnake() 
     except ValueError: 
      IJ.log('snake failure') 

set_parameters(deform, tracking_parameters) 
for i in xrange(initial_parameters[5]): 
    try: 
     deform.addSnakePoints(tracking_parameters[6]) 
     deform.deformSnake() 
    except ValueError: 
     IJ.log('snake failure') 

return outline 

edges = IJ.getImage() 
x_coords = [49.71320343559643, 49.702736000251505, 49.67134402431167, 49.619058487867186, 49.54593099043001, 49.45203370001131, 49.33745928190039] 
#length of x_coords list shortened for brevity 

jx = java.util.ArrayList() 
for x in x_coords: 
    jx.add(float(x)) 

set_parameters_deform(edges, jx, 1, initial_parameters, tracking_parameters): 

ありがとうございました！

Answer 1

これは、スクリプトフレームワークまたはJFilamentプラグインのいずれかの問題であるようです。

次のPython最小の例では、問題を再現：

# @ImagePlus edges 

from java.util import ArrayList 
from snakeprogram.energies import IntensityEnergy 
from snakeprogram import TwoDContourDeformation 

outline = ArrayList() 
outline.add(1.0) 
outline.add(2.0) 
outline.add(3.0) 

deform = TwoDContourDeformation(outline, IntensityEnergy(edges.getProcessor(), 1.0)) 
deform.addSnakePoints(1000.0) 
print deform 

ならびにこのグルービー例：

// @ImagePlus edges 

import snakeprogram.energies.IntensityEnergy 
import snakeprogram.TwoDContourDeformation 

outline = [1.0, 2.0, 3.0] 
deform = new TwoDContourDeformation(outline, new IntensityEnergy(edges.getProcessor(), 1.0)) 
deform.addSnakePoints((double)1000.0) 
print deform 

両方点をこの行にエラーのソースとして：

at snakeprogram.TwoDContourDeformation.addSnakePoints(TwoDContourDeformation.java:101) 

https://github.com/odinsbane/jfilament/blob/master/src/main/java/snakeprogram/TwoDContourDeformation.java#L101

スクリプト固有の変換の例外が

：両方の場合において

java.lang.ClassCastException: java.lang.Double cannot be cast to [D 

java.lang.ClassCastException: java.math.BigDecimal cannot be cast to [D 

、二重（[D）のアレイが予想されるが、単一の数インスタンスが提供されます。 ImageJ forumの@odinsbaneにお問い合わせください。