g ++ Rcpp osx上のアーキテクチャx86_64の未定義のシンボル

Question

OSX El CapitainでC++ソースファイルからdylibファイルを作成してRcpp経由でRに読み込もうとしています。ここで私が作成したものを著しく単純化した例です。

//test.cpp 
#include <Rcpp.h> 

RcppExport SEXP dosum(SEXP _a, SEXP _b){ 
    double a = Rcpp::as<double>(_a); 
    double b = Rcpp::as<double>(_b); 
    return Rcpp::wrap(a+b); 
} 

私は大学で私に利用できるLinuxサーバー上で次のMakefileを使って/リンクをコンパイルすると、

CC=g++ 
# note the use of c++14, used to use c++11 

all: test 

test : 
${CC} -DNDEBUG \ 
    -I. \ 
    -I/usr/share/R/include \ 
    -I/server/linux/lib/R/3.0/x86_64/site-library/Rcpp/include \ 
    -I/usr/share/Rcpp_0.12.3/include \ 
    -fpic -O3 -pipe \ 
    -std=c++1y \ 
    -c test.cpp 
${CC} -shared -o test.so test.o 

clean: 
    @find . \(-name "*.o" -o -name "*.so" \) -exec rm {} \; 

私は希望のtest.soファイルを入手してください。これをdyn.load('test.so')でRセッション中に読み込むことができます。ロードされたら、dosum()をdosum(x,y)経由で使用することができます。すばらしいです。

私の個人的なMacでOSX El Capitainと全く同じことをしたいと思います。私は

ある

g++ \ 
    -I. \ 
    -I/usr/share/R/include \ 
    -I/usr/local/include/Rcpp/Rcpp_0.12.5/inst/include \ 
    -fPIC \ 
    -c temp.cpp 
g++ -dynamiclib *.o -o temp.dylib 
Undefined symbols for architecture x86_64: 
    "_REprintf", referenced from: 
     Rcpp::Rstreambuf<false>::xsputn(char const*, long) in temp.o 
     Rcpp::Rstreambuf<false>::overflow(int) in temp.o 
    "_R_FlushConsole", referenced from: 
     Rcpp::Rstreambuf<true>::sync() in temp.o 
     Rcpp::Rstreambuf<false>::sync() in temp.o 
    "_R_GetCCallable", referenced from: 
     dataptr(SEXPREC*) in temp.o 
    "_R_NilValue", referenced from: 
     Rcpp::Rcpp_protect(SEXPREC*) in temp.o 
     Rcpp::Shield<SEXPREC*>::~Shield() in temp.o 
    "_Rf_allocVector", referenced from: 
     SEXPREC* Rcpp::internal::primitive_wrap__impl__cast<double>(double const&, Rcpp::traits::integral_constant<bool, false>) in temp.o 
    "_Rf_coerceVector", referenced from: 
     SEXPREC* Rcpp::internal::basic_cast<14>(SEXPREC*) in temp.o 
    "_Rf_length", referenced from: 
     double Rcpp::internal::primitive_as<double>(SEXPREC*) in temp.o 
    "_Rf_protect", referenced from: 
     Rcpp::Rcpp_protect(SEXPREC*) in temp.o 
    "_Rf_unprotect", referenced from: 
     Rcpp::Shield<SEXPREC*>::~Shield() in temp.o 
    "_Rprintf", referenced from: 
     Rcpp::Rstreambuf<true>::xsputn(char const*, long) in temp.o 
     Rcpp::Rstreambuf<true>::overflow(int) in temp.o 
    "_TYPEOF", referenced from: 
     SEXPREC* Rcpp::r_cast<14>(SEXPREC*) in temp.o 
     SEXPREC* Rcpp::internal::basic_cast<14>(SEXPREC*) in temp.o 
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make: *** [temp] Error 1 

、物事が文字化けして取得しているように見える、私はこのMakefileを実行すると

CC=g++ 

all: temp 

temp: 
    ${CC} \ 
      -I. \ 
      -I/usr/share/R/include \ 
      -I/usr/local/include/Rcpp/Rcpp_0.12.5/inst/include \ 
      -fPIC \ 
      -c temp.cpp 
    ${CC} -dynamiclib *.o -o temp.dylib 

clean: 
    @find . \(-name "*.o" -o -name "*.dylib" \) -exec rm {} \; 

が、私は以下を取得し、Makefileの多くのバリエーションを試してみましたが、現在は使用しています問題の変数の前にアンダースコアが追加されています。私は間違って何をしていますか？私は-fpic,-std=XXXのような様々なフラグを追加/削除しようとしました。

私は関連する質問を見つけましたが、元のポスターが最初にRcppを使用する方法を混乱させるケースと思われます。ここでは、LinuxでできることをMacでやりたいだけです。 MacのヘッダファイルとLinuxのヘッダファイルとの間に基本的な違いがあるとは思えませんが、詳細はまだ確認していません。

FWIW、私は、限り、彼らはRcpp（例えば、簡単なcout << "hello world" <<endl;機能）を使用しないように、多分私のRcppのインストールが何らかの形で台無しにされた私のMac上の同じアプローチを使用してdylibsを作成することができます。

Answer 1

なぜMakefileを使用していますか？

あなたはRにその事業をさせてもらえればそれはすべて機能します。しかし

R> cppFunction("SEXP dosum(SEXP a_, SEXP b_){ 
    double a = Rcpp::as<double>(a_); 
    double b = Rcpp::as<double>(b_); 
    return Rcpp::wrap(a+b); 
}") 
R> dosum(4, 7) 
[1] 11 
R> 

注、私は_a, _b有効a_, b_にご無効識別子復帰しなければならなかったこと、：ここでは（あなたが数える方法に応じて）1対4-ライナーがあります。

ワンライナーは、我々は自由のために取得するテンプレート変換与えられた当然のすべてこの缶も持っていたこと：

R> cppFunction("double dosum2(double a, double b) { return a+b; }") 
R> dosum2(5, 8) 
[1] 13 
R>