実行中にエラーが発生しました。R

Question

hicpipeツールを実行しており、実行中にこのエラーが返されます。そのエラー：

Rsge temp files: tmp/Rsge.test_cluster.binned.* 
Error in if (trace) cat("Running locally \n") : 
argument is of length zero 
Calls: compute.total.counts -> model.predict.split -> sge.parRapply 
Execution halted 
Error: error in total_expected_counts_wrapper.r 
Execution halted 
make[1]: *** [/home/dashti/hicpipe/output/test_cluster/test_cluster.nm] 
Error 1 
make[1]: Leaving directory `/home/dashti/hicpipe' 
make: *** [all] Error 1 

それは以下にRscriptコードを実行された：total_expected_counts_wrapper.rの

Rscript R/total_expected_counts_wrapper.r /home/dashti/hicpipe/output/test_cluster/test_cluster /home/dashti/hicpipe/models/map_len_gc.mdl trans 1e+06 0 200 

コードは次のとおりです。

options(warn=1) 

# get script name 
all.args = commandArgs(F) 
fn.arg = "--file=" 
script.name = sub(fn.arg, "", all.args[grep(fn.arg, all.args)]) 

args = commandArgs(T) 
if (length(args) == 1) { 
    cat(sprintf("usage: %s <input prefix> <model file> <filter>  <cis.threshold> <use cluster> <max jobs on cluster>\n", 
       script.name)) 
    q(status=1) 
} 

ifn.prefix = args[1] 
model.ifn = args[2] 
filter = args[3] 
cis.threshold = as.numeric(args[4]) 
cluster = (args[5] == "1") 
max.njobs = as.numeric(args[6]) 

mtable = read.delim(model.ifn) 
mfields = mtable$field 
maxvals = mtable$size 

if (cluster) { 
    cat("Using Sun Grid Engine cluster\n") 
} else { 
    cat("Not using Sun Grid Engine cluster, running sequentially on local  machine\n") 
} 

source("R/model_predict.r") 
compute.total.counts(prefix=ifn.prefix, cluster=cluster,  max.njobs=max.njobs, ofields=mfields, max.vals=maxvals, filter=filter,  cis.threshold=cis.threshold) 

q(status=0) 

私は何をすべきでしょうか？他の.Rファイルが見えますが、トレース変数が見つかりません。私は著者に電子メールを送るが、私は何の応答も受けない。 model_predict.rで

Answer 1

source("R/model_predict.r")

、Rsgeライブラリは

173 library(Rsge) 
174 sge.options(sge.save.global=F) 
175 sge.prefix = paste("tmp/Rsge.", get.short.fn(fends.fn), ".", sep="") 
176 cat(sprintf("Rsge temp files: %s*\n", sge.prefix)) 
177 sge.options(sge.file.prefix=sge.prefix) 
178 
179 result = sge.parRapply(ranges, model.predict, lib.dir=lib.dir, 
180       njobs=njobs, join.method=c, cluster=cluster, 
181       fends.fn=fends.fn, log.dir=log.dir, 
182       prior=prior, mfields=mfields, mfields.maxvals=mfields.maxvals, mfields.fns=mfields.fns, 
183       filter=filter, cis.threshold=cis.threshold, ofields.x=ofields.x, ofields.y=ofields.y, 
184       function.savelist=c("get.short.fn", "get.ofield.args")) 
185 if (class(result) == "list" && class(result[[1]]) == "try-error") 
186  return (-1) 

をロードし、Rsgeが正常に動作しないと思われています。

IはRsge/sge.parApply.Rコード
（Rsge/sge.optionRに等しい変数の設定値）
とRsgeを再インストールを編集しworkarounded。

1 
    2           # $Id: sge.parRapply.R,v 1.2 2006/12/15 15:21:23 kuhna03 Exp $ 
    3 
    4 sge.apply <- function(X, MARGIN, FUN, ..., 
    5       join.method=cbind, 
    6       njobs, 
    7       batch.size=options('sge.block.size'), 
    8       packages=NULL, 
    9       global.savelist=NULL, 
10       function.savelist=NULL, 
11       cluster=options('sge.use.cluster'), 
12       #trace=options('sge.trace'), 
13       trace=TRUE, 
14       #debug=options('sge.debug'), 
15       debug=FALSE, 
16       file.prefix=options('sge.file.prefix') 
17       ) {