マトリックス - 私はR.</p> <p>で初心者だが、私はR.と行列表現の節減を構築したかった境界

Question

のうちphytoolsの添字は、私がthis phylogenetic packageを発見し、私はそれを試してみることにしました木のサブセットを見つけることができますhere

私が例を使用するとき、私は完全にテストツリーを生成することができます。私は私のファイルを使用する場合しかし、私はこのエラーを取得しています：

Error in XX[rownames(X[[i]]), c(j:((j - 1) + ncol(X[[i]])))] <- X[[i]] 
    [1:nrow(X[[i]]), : subscript out of bounds 

私はイメージングは​​それのようにする必要があり機能していないんだもう一つはspeciesです。私が種を印刷すると、空の ""と2つのNAが得られるからです。私は他の人と試した

(...) 
if(i==1) species<-phy[[i]]$tip.label 

EDIT
は、ファイルをNewickのと同じで、異なるエラーを持っています。関数には次のように書かれていますが、

This function reads a file which contains one or several trees in 
parenthetic format known as the Newick or New Hampshire format. 

これらのファイルを読み取ることはできないようです。何か案が？

このエラーを回避するために何をすべきか理解してくれる人は誰ですか？

ありがとうございました！

Answer 1

どのように問題を解決しましたか？

私はさまざまなnewickファイルを試してみましたが、それらのファイルでエラーが表示されました。

私はこのテストツリーをファイルに書き込むことを決めた後、ファイルからの距離を取り除いた後にツリーに距離がないことを認識した後、 Liamによって提供されたコードが機能しました！