2017-06-21 5 views
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以前にインストールして使用できたパッケージを再インストールしようとしています。私のコンピュータが予期せずに再起動した後、私は自分のパッケージを構築していました。その後、rpgraphパッケージのロードに問題が発生しました。だから私はそれをアンインストールして再インストールすることに決めました。ゼロからJavaを再インストール、私が試したrjava依存パッケージのインストールセグメンテーションフォールト(コアダンプ)

library(devtools) 

library(rJava) 
install_github("Albluca/rpgraph") 


Downloading GitHub repo Albluca/[email protected] 
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master 
Installing rpgraph 
Running command /usr/lib/R/bin/R 
Arguments: 
CMD 
INSTALL 
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96 
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 
--install-tests 

installing source package ‘rpgraph’ ... 
** R 
** data 
*** moving datasets to lazyload DB 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Segmentation fault (core dumped) 
ERROR: loading failed 
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’ 
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,   stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =  real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,  stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,  spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :  System command error` 

とCRAN何とかインストールするパッケージを避ける私のシステムに残っているものがある:私はそのようにしたとき、私は、次のエラーを得ました。また、エラーはあまり有益ではないので、問題がどこにあるかをどのように絞り込むかについてはわかりません。

ご協力いただきありがとうございます。

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私がここでアドバイスできるのは、JDK、rJava、およびRを使用してすべてを取得することです。私がこれを使うと、http://www.owsiak.org/?p=3671ここに記載されているようにインストールしてください:https://github.com/Albluca/rpgraphそれは期待通りに動作します。 – mko

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@gonzalipto、私はUbuntuディストリビューションをアップグレードした後も同じ問題を経験しています。仮想マシンの以前のスナップショットがありましたが、問題を再現できました。 Linuxでこれを実行しているかどうか教えてください。もしそうなら、あなたの現在のカーネルバージョンはどれですか? – asuka

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[関連する質問](https://stackoverflow.com/questions/44684612/rmongo-installation-fails-with-segmentation-fault-in-ubuntu)、インストールされているLinuxカーネルに関連している可能性があります – daroczig

答えて

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これは最近のカーネルバージョンのバグだと思われますが、Javaや他のソフトウェアを含む他のRライブラリでも同じ問題が発生します。

https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.htmlおよびhttps://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919を参照してください。

この回避策は、私のためのトリックを行います。

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g" 
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もっと良いリンク:https://github.com/s-u/rJava/issues/110 –

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次のライブラリをインストールするときに同じ問題が発生しました:vanneulerとwordnet(いずれもrjavaに依存します)。私は提案された解決策、共有のおかげで解決しました。 – rlar

3

私は図書館vanneulerwordnetのインストール中に同じ問題を経験し、ケネスによって提案されたソリューションを使用して問題を解決しました。私の場合はオプション-Xss2560kは解決するのに十分だった。また

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

:代わりに端末からjavaオプションをexportコマンドを実行しているのは、次のコマンドを使用して、Rセッションから直接設定することができます。

options(java.parameters = "-Xss2560k")

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