火山プロットの点の色はR

Question

を使用しています。これは簡単な質問ですが、どういうわけか希望の結果が得られません。私はできた火山のプロットを作りたい。

CSCJFCTable <- read.table("volcano_plot_valuesCSCJ.csv", header = TRUE, sep = ",") 
with(CSCJFCTable, plot(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, main="")) 
abline(h = 1.0, col = "blue 
", lty = 2, lwd = 1) 
abline(v = c(-1,1), col = "blue 
", lty = 2, lwd = 1) 
with(subset(CSCJFCTable, X.log10.p.<1.0), points(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, col="gray")) 
with(subset(CSCJFCTable, abs(log2.FC.)>1), points(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, col="orange")) 

そして、ここで私は最初のボックス内の点の色と異なる2色の3番目のボックスを変更したい結果のプロット

は次のとおりです。ここでは、コードです。だから、基本的に、log2.FC. < -1 & -log10(raw.pval) > 1.0は赤と言う色を持っていて、log2.FC. > 1 & -log10(raw.pval) > 1.0は緑色でなければなりません。また、-log10（raw.pval）= 1.0以下のすべての点はグレーでなければなりません。これどうやってするの？私はさまざまな組み合わせに疲れましたが、うまくいきませんでした。

Answer 1

私は最終的に所望の解ました：

CSCJFCTable <- read.table("volcano_plot_valuesCSCJ.csv", header = TRUE, sep = ",") 
with(CSCJFCTable, plot(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, main="")) 
abline(h = 1.0, col = "blue 
", lty = 2, lwd = 1) 
abline(v = c(-1,1), col = "blue 
", lty = 2, lwd = 1) 
with(subset(CSCJFCTable, X.log10.p.<1.0), points(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, col="gray")) 
with(subset(CSCJFCTable, log2.FC.< -1 & X.log10.p.>1.0), points(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, col="red")) 


with(subset(CSCJFCTable, log2.FC.> 1 & X.log10.p.>1.0), points(log2.FC., -log10(raw.pval), pch=20, col="green")) 

を