ディレクトリのようなツリーに存在するリモートGZファイルをダウンロードすると、くすぐりはしません

Question

私は2日以上頭を掻いていますが、それでもやっぱり次のようにすることはできません！ ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.govにあるGeoデータセットをすべてダウンロードして、各データセットに興味のあるキーワードが含まれているかどうかを確認する必要があります。手動でデータセットをダウンロードしてファイルを確認できました希望のキーワードを入力します。しかし、データセットの数が膨大なので、私は手動で行うことはできません。私はそれを行うためのプログラムを書いておきたい。最初のステップでは、ダウンロードできるかどうかを試したところです。次のように 構造は次のとおりです。

hots-> 
    /geo/ 
    -> datasets/ 
     -> GDS1nnn/ .... all the way through GDS6nnn and each of them 
      contain more than 600 directories; ordered by number i.e. 
      GDS1001. Now, in each of these directories: 
      ---> soft inside this folder there are 2 files that are named 
      like this: folder name (GDS1001)+_full.soft.gz 

これは私がダウンロードして、私が探していますキーワードは、そのファイル内にあるかどうかを確認する必要があると思うのファイルです。

は、ここに私のコードです：

ftp = FTP('ftp.ncbi.nlm.nih.gov') # remember that you ONLY need to provide the host name not the complete address! 
ftp.login() 
#ftp.retrlines('LIST') 
ftp.cwd("/geo/datasets/GDS1nnn/") 
ftp.retrlines('LIST') 
filenames = ftp.nlst() 
count = len(filenames) 
curr = 0 
print ("found {} files".format(count)) 
for filename in filenames: 
    first_path=filename+"/soft/" 
    second_path=first_path+filename+"_full.soft.gz" 
    #print(second_path) 
    local_filename = os.path.join(r'full path to a folder that I 
     created') 
    file = open(local_filename, 'wb') 
    ftp.retrbinary('RETR ' + second_path, file.write) 
    file.close() 
ftp.quit() 

出力：

file = open(local_filename, 'wb') 
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: full path to a folder that I created' 

しかし、私はこのフォルダの読み取りと書き込みの両方の権限を持っています。 ご協力ありがとうございます

Answer 1

次のコードは、各データセットのフォルダを作成し、そのフォルダにコンテンツを保存する方法を示しています。

import sys, ftplib, os, itertools 
    from ftplib import FTP 
    from zipfile import ZipFile 
    ftp = FTP('ftp.ncbi.nlm.nih.gov') 
    ftp.login() 
    #ftp.retrlines('LIST') 
    ftp.cwd("/geo/datasets/GDS1nnn/") 
    ftp.retrlines('LIST') 
    filenames = ftp.nlst() 
    curr = 0 
    #print ("found {} files".format(count)) 
    count = 0 
    for filename in filenames: 
     array_db=[] 
     os.mkdir(os.path.join('folder called "output' + filename)) 
     first_path=filename+"/soft/" 
     os.mkdir(os.path.join('folder called "output' + first_path)) 
     second_path=first_path+filename+"_full.soft.gz" 
     array_db.append(second_path)  
     for array in array_db: 
      print(array) 
      local_filename = os.path.join('folder called "output' + array) 
      file = open(local_filename, 'wb') 
      ftp.retrbinary('RETR ' + array, file.write) 
      file.flush() 
      file.close()  
    ftp.quit()